结论：工作上级检查员工操作不当罚款，罚款的承担主体需分情况讨论，具体如下：
- 若公司有合法有效的规章制度规定操作不当可罚款，且罚款程序合法
- 罚款承担主体为员工：根据《劳动合同法》第四条规定，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。并且用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。
- 如果公司制定的关于操作不当罚款的规章制度符合上述民主程序和公示告知要求，那么当员工出现操作不当行为时，公司有权依据该规章制度对员工进行罚款，此时罚款由员工个人承担。例如，某制造企业制定了详细的《生产操作规范及违规处罚条例》，明确规定员工在生产过程中若出现违规操作，将根据违规情节轻重处以一定金额的罚款，该条例经过职工代表大会讨论通过，并在公司内部公告栏进行了公示。当某员工出现操作不当行为时，公司依据该条例对其进行罚款，该罚款就应由该员工承担。
- 若公司规章制度不合法或罚款程序不合法
- 罚款承担主体为公司：如果公司没有合法有效的规章制度对操作不当罚款进行规定，或者规章制度的制定没有经过民主程序、没有进行公示告知，那么公司依据该规章制度对员工进行的罚款就是不合法的。在这种情况下，员工有权拒绝缴纳罚款，若公司已经从员工工资中扣除罚款，员工可以通过法律途径要求公司返还。
- 另外，即使公司有合法有效的规章制度，但在罚款时没有按照规定的程序进行，比如没有事先告知员工违规事实和处罚依据、没有给员工陈述申辩的机会等，也可能导致罚款行为违法，此时罚款同样应由公司承担相应责任，员工可要求返还已扣罚款。例如，公司没有在处罚前向员工说明其操作不当的具体情况以及依据的规章制度条款，就直接对员工进行罚款，这种罚款行为就不符合合法程序，员工可以要求公司返还罚款。
- 若因员工操作不当给公司造成实际损失，公司要求赔偿
- 赔偿主体为员工，但与罚款性质不同：根据《工资支付暂行规定》第十六条规定，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
- 这种情况下，公司要求员工赔偿是基于员工给公司造成了实际损失，与上述因规章制度规定的罚款性质不同。例如，员工在操作机器时因违规操作导致机器损坏，维修费用为5000元，公司可以依据劳动合同的约定要求员工赔偿该损失，但每月扣除工资的比例需符合上述规定。
建议：如果员工遇到上级以操作不当为由进行罚款的情况，首先要查看公司的规章制度是否合法有效以及罚款程序是否合法。如果认为公司的罚款行为不合法，可以与公司进行沟通协商，要求返还罚款；协商不成的，可以向劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁。公司在进行罚款时，也要确保规章制度合法、罚款程序合规，避免引发劳动纠纷。