在诉讼程序中，质证意见超过法定期限提交的，法院通常不会直接采纳，但具体处理方式需结合案件阶段、逾期原因及法院自由裁量权综合判断。以下是具体分析：

1. 质证期限的法律规定
   根据《民事诉讼法》第68条及《民事证据规定》第51条，当事人应在收到对方证据材料后法院指定的期限内提交书面质证意见（通常为15日左右，具体以法院通知为准）。若未在期限内提交，原则上视为放弃质证权利，法院可能不再组织质证，直接依据现有证据认定事实。

2. 逾期提交的补救措施

   • 申请延期质证：若因客观原因（如证据材料复杂、突发疾病等）无法按时提交，可立即向法院书面申请延期，并附证明材料（如医院诊断证明、工作记录等）。法院会根据情况决定是否准许。
     
   • 补充质证意见：若逾期时间较短且未影响诉讼进程，可与对方协商一致后，向法院申请补充质证。但对方有权拒绝，此时需依赖法院裁量。
     
   • 申请重新指定质证期限：在庭审中，若发现关键证据未质证，可当庭提出异议，申请法院重新指定质证期限。但需注意，此方式适用于庭审阶段，且需以“影响公正裁决”为由。

3. 法院的自由裁量权
   即使逾期，法院也可能基于以下情形采纳质证意见：

   • 逾期提交的证据对案件结果有重大影响（如证明关键事实）；
     
   • 逾期非因当事人故意或重大过失（如法院未及时送达证据材料）；
     
   • 对方同意质证或未提出实质性反对。
     

4. 风险提示
   若逾期提交且无合理理由，法院可能直接排除相关证据，导致己方主张缺乏支持。因此，务必严格遵守法院指定的质证期限，并在收到证据后立即分析、准备意见，避免因程序瑕疵影响实体权利。

建议：若已逾期，应第一时间联系法院说明情况，同时与对方沟通协商，争取补救机会。若需进一步分析具体案件中的操作策略，可向我提供更多细节（如案件阶段、逾期原因等），我会结合实务经验为您制定应对方案。