确认程序瑕疵但维持许可决定书的撰写，核心在于既承认程序存在一定瑕疵，又明确说明该瑕疵不影响实体决定的合法性与合理性，从而维持原许可决定。以下为撰写要点及示例内容：

1. 标题与文号
   标题应明确为“关于[具体事项]确认程序瑕疵但维持许可决定书”，文号按单位内部文件编号规则编写。

2. 首部：当事人信息与案件背景

   • 写明申请人（或被许可人）的姓名/名称、地址、联系方式等基本信息。
     
   • 简要概述许可事项的申请时间、内容（如“关于XX项目建设工程规划许可的申请”）。
     
   • 说明原许可决定的作出时间、文号及主要内容（如“我局于XX年XX月XX日作出《XX许可证》（文号：XX），准予XX公司开展XX活动”）。

3. 程序瑕疵的确认

   • 明确瑕疵内容：客观描述程序问题，例如“经复查，原许可决定作出过程中存在以下瑕疵：1. 未在法定期限内完成公示程序；2. 听证会通知未有效送达部分利害关系人”。
     
   • 引用法律依据：指出瑕疵违反的具体法律条款（如《行政许可法》第36条“行政机关对行政许可申请进行审查时，发现行政许可事项直接关系他人重大利益的，应当告知该利害关系人”）。
     
   • 强调瑕疵性质：说明瑕疵属于“程序轻微违法”或“未对实体权利产生实质影响”（如“上述瑕疵未导致利害关系人丧失陈述、申辩权利，亦未影响许可决定的实体公正性”）。

4. 维持许可决定的理由

   • 实体合法性：论证许可决定符合法定条件（如“申请人提交的材料齐全、符合法定形式，且项目符合XX规划要求”）。
     
   • 公共利益考量：若涉及公共利益，可说明维持许可的必要性（如“该项目系XX重点工程，关乎XX民生需求，撤销许可将造成重大社会影响”）。
     
   • 信赖保护原则：引用《行政许可法》第8条，强调“为保护申请人合理信赖，不宜因程序瑕疵撤销许可”。

5. 决定内容与救济途径

   • 明确结论：写明“维持原《XX许可证》（文号：XX）的效力”。
     
   • 告知权利：说明申请人或利害关系人若不服决定，可依法申请行政复议或提起行政诉讼（如“如不服本决定，可自收到之日起60日内向XX人民政府申请行政复议，或6个月内向XX人民法院提起诉讼”）。

6. 尾部

   • 落款：加盖行政机关公章，注明作出决定的日期。
     
   • 附件：可附原许可决定书、程序瑕疵复查报告等证明材料。

示例段落：
“经审查，我局原许可决定作出过程中存在未充分保障利害关系人听证权利的程序瑕疵，违反了《行政许可法》第47条之规定。但鉴于：1. 申请人提交的申请材料符合法定条件；2. 项目已实际投入建设，撤销许可将造成重大经济损失；3. 瑕疵未影响实体决定的公正性。根据《行政许可法》第69条‘对有瑕疵但不直接关系公共利益、个人权益的行政许可，可不予撤销’之规定，现决定维持原《建设工程规划许可证》（文号：XX）的效力。”

注意事项：

• 避免以“程序瑕疵无关紧要”为由轻率维持决定，需充分论证瑕疵的“非实质性”。
  
• 若程序瑕疵可能导致实体错误（如未核查关键材料），则应依法撤销许可并重新审查，而非维持。
  
• 撰写时保持语言严谨，避免使用“大概”“可能”等模糊表述。

如有具体案件细节需进一步分析，可直接向我咨询。