结论：自己公司进货后由个体经商户销售是否合法，需根据具体情况判断，主要涉及公司经营自主权、合同关系合法性及个体经商户经营资质等核心问题。以下从不同角度详细分析：
一、公司经营自主权角度
公司作为独立法人，享有经营自主权，有权自主决定货物的采购、销售渠道及合作对象。因此，公司进货后选择由个体经商户销售，本身不违反法律规定，属于公司正常经营行为。但需注意：
- 内部决策程序：若公司章程或股东会/董事会决议对货物销售渠道有特殊限制（如“必须通过公司自有渠道销售”），则需履行内部决策程序修改相关条款，否则可能引发内部纠纷。
- 关联交易合规性：若个体经商户与公司存在关联关系（如股东、高管或其亲属经营），需确保交易价格公允、程序透明，避免被认定为“利用关联关系损害公司利益”，否则可能面临《公司法》第21条的追责。
二、合同关系合法性角度
公司需与个体经商户签订书面销售合同，明确货物所有权转移、价款支付、质量责任等条款。合同内容合法且双方意思表示真实时，交易合法有效。需特别注意：
- 个体经商户资质：若销售特定商品（如食品、药品、危险化学品），个体经商户需取得相应行政许可（如《食品经营许可证》《药品经营许可证》）。若未取得资质，合同可能因违反《行政许可法》第79条被认定无效，且公司可能因“明知对方无资质仍供货”被行政处罚。
- 税务合规性：公司需按实际交易金额向个体经商户开具增值税发票，个体经商户需依法申报纳税。若通过“私户转账”“不开发票”等方式逃避税务，可能涉嫌偷税漏税，双方均需承担《税收征收管理法》第63条的行政责任，情节严重可能构成逃税罪。
三、特殊行业限制角度
若公司或个体经商户涉及以下行业，需额外遵守专项规定：
- 烟草专卖：根据《烟草专卖法》第16条，销售烟草制品需取得《烟草专卖零售许可证》，且个体经商户不得从非烟草专卖批发企业进货。若公司无烟草专卖批发资质却向个体经商户供货，可能被没收违法所得并罚款。
- 医疗器械：根据《医疗器械监督管理条例》第42条，销售第二类、第三类医疗器械需取得《医疗器械经营许可证》。若个体经商户无证经营，公司可能因“提供未经许可经营的医疗器械”被处罚。
四、法律建议
- 事前审查：与个体经商户合作前，核查其经营范围、行政许可及税务登记情况，确保其具备合法销售资质。
- 合同规范：签订书面合同，明确货物交付、质量标准、违约责任等条款，避免口头约定引发纠纷。
- 合规留痕：保留货物交付凭证、发票、转账记录等证据，证明交易真实性及合规性。
- 定期审计：对长期合作的个体经商户，定期核查其资质有效性及税务合规性，降低合作风险。
示例：若A公司从供应商处采购一批食品，拟通过个体工商户B销售。A公司需：
- 确认B已取得《食品经营许可证》；
- 与B签订书面合同，约定“若因B资质问题导致A被处罚，B需承担全部赔偿责任”；
- 按实际交易金额向B开具发票，并要求B提供纳税凭证。
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