在合同中，制度补充条款既可以写在附则中，也可以根据具体情况选择其他合适的位置，这主要取决于补充条款的性质、内容以及合同的整体结构安排。以下是对这一问题的详细分析：

1. 附则作为补充条款的常见位置：

   • 附则通常是合同中用于规定一些辅助性、补充性或解释性条款的部分。它位于合同正文之后，用于对合同中的某些术语、概念、程序或特殊情况进行进一步说明或补充。
   • 如果制度补充条款是对合同主体内容的补充、解释或细化，且这些条款不构成合同的主要义务或权利，那么将它们放在附则中是一个合理的选择。这样做有助于保持合同正文的简洁性和条理性，同时确保补充条款得到适当的关注和解释。

2. 其他位置的选择：

   • 然而，并非所有制度补充条款都适合放在附则中。如果补充条款涉及合同的主要义务、权利或关键条款的修改，那么它们可能需要被直接纳入合同的正文部分，以确保这些条款得到足够的重视和明确的表述。
   • 此外，如果合同中有特定的章节或部分用于规定类似性质的条款（如“特别约定”、“其他条款”等），那么制度补充条款也可以考虑放在这些部分中。这取决于合同的具体结构和编写习惯。

3. 法律建议：

   • 在决定制度补充条款的位置时，应首先考虑条款的性质和内容。如果条款是对合同主体内容的补充或解释，且不涉及主要义务或权利的修改，那么附则是一个合适的选择。
   • 如果条款涉及主要义务、权利或关键条款的修改，或者需要得到特别的重视和明确的表述，那么应考虑将它们直接纳入合同正文或特定的章节中。
   • 无论选择哪种位置，都应确保补充条款的表述清晰、准确，且与合同的其他部分保持一致性和协调性。

4. 可能的法律后果：

   • 如果制度补充条款的位置选择不当，可能会导致条款的效力受到质疑或影响合同的整体解释。例如，如果将重要的修改条款放在附则中，而附则通常被视为辅助性条款，那么这些修改条款可能不会被视为合同的主要部分，从而影响其执行力。
   • 因此，在选择制度补充条款的位置时，应谨慎考虑其法律后果，并确保所选位置符合合同的目的和整体结构。

综上所述，制度补充条款的位置选择应根据条款的性质、内容以及合同的整体结构来决定。如果有具体的合同或补充条款需要审查或编写建议，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供详细的法律指导。