若因醉驾被检察院起诉且目前仍在上班，核心结论是：需根据醉驾案件的具体情况、单位规章制度以及法律规定来综合处理，以下分情况说明：
关于醉驾案件本身的处理
- 配合司法程序：醉驾被检察院起诉，意味着案件已进入刑事诉讼程序。此时应积极配合司法机关的调查和审判工作，如实陈述事实，不得逃避或抗拒。
- 法律后果：醉驾可能构成危险驾驶罪，根据《中华人民共和国刑法》第一百三十三条之一的规定，处拘役，并处罚金。若情节严重，如造成交通事故、逃逸等，还可能面临更严厉的刑罚。
- 辩护与和解：在诉讼过程中，可委托律师进行辩护，争取从轻或减轻处罚。若与被害人达成和解，取得被害人谅解，也可能对量刑产生积极影响。
关于工作方面的处理
- 单位规章制度：需查看所在单位的规章制度，了解醉驾行为是否违反单位规定，以及可能面临的纪律处分。若单位有明确规定，如醉驾者将被开除或降职等，则需做好相应准备。
- 主动沟通：在案件处理过程中，建议主动与单位沟通，说明情况，表达悔意，并承诺遵守单位规定和法律法规。这有助于维护与单位的关系，减少负面影响。
- 工作安排：若因醉驾被采取强制措施（如取保候审、监视居住等），可能影响正常工作。此时应与单位协商，看是否可以调整工作安排，如远程办公、请假等，以确保案件处理和工作两不误。
关于后续影响及应对
- 职业资格：醉驾行为可能影响某些职业资格的取得或保持，如律师、医生等。若从事此类职业，需关注相关法律法规和行业规定，及时采取措施应对。
- 社会信用：醉驾行为还可能影响个人社会信用记录，对贷款、出行等方面产生不利影响。因此，应重视醉驾行为的后果，积极改正错误，重建社会信用。
建议：在处理醉驾案件的同时，务必关注工作方面的影响，积极与单位沟通，遵守单位规定和法律法规。如有需要，可委托律师提供法律帮助，以更好地维护自身权益。