过户时住房公积金贷款由一方承担的协议与离婚协议是否冲突，需分情况判断，关键在于两份协议的内容是否一致或存在实质性矛盾。以下从不同角度具体分析：

1. 若两份协议内容一致，则不冲突

• 若离婚协议中已明确约定“住房公积金贷款由某一方单独承担”，且过户时签订的协议（如《贷款承担协议》）内容与离婚协议完全一致（例如均明确贷款由男方承担），则两份协议相互印证，不存在冲突。
• 法律效果：两份协议均有效，但需注意：
  
  • 若涉及房产过户，需确保《贷款承担协议》作为离婚协议的补充或细化，避免因表述模糊导致后续纠纷；
    
  • 若贷款银行要求借款人变更（如从双方名下转为单方），需按银行规定办理手续，否则可能影响协议履行。

2. 若两份协议内容矛盾，则可能冲突

• 矛盾情形：
  
  • 离婚协议约定“贷款由双方共同承担”，但过户时协议约定“由一方承担”；
    
  • 离婚协议未明确贷款承担方，但过户时协议单方约定承担责任。
    
• 法律后果：
  
  • 优先效力：若离婚协议已通过法院调解/判决确认，或已办理离婚登记，其效力通常高于后续签订的过户协议（除非能证明过户协议是双方对离婚协议的变更）；
    
  • 表意真实：若过户协议是双方真实意思表示（如离婚后协商变更贷款承担方式），且不违反法律强制性规定，则可能以过户协议为准；
    
  • 第三人利益：若贷款银行已基于离婚协议的约定（如双方共同还款）发放贷款，单方变更承担方可能需银行同意，否则银行仍有权向双方追偿。

3. 实务建议

• 明确协议内容：在过户时签订的《贷款承担协议》中，应明确写明“本协议是对离婚协议中贷款承担条款的变更/补充”，避免歧义；
  
• 办理变更手续：若需将贷款人从双方变更为单方，需与银行沟通并办理相关手续（如重新签订借款合同）；
  
• 公证或备案：为增强协议效力，可对过户协议进行公证，或在离婚协议中明确约定“贷款承担以过户时签订的协议为准”。

总结：两份协议是否冲突，需结合内容、签订时间、是否变更等因素综合判断。若您已签订相关协议，建议将两份协议文本提供给我，我可以进一步分析具体条款的效力及潜在风险。