核心结论：逾期三天已还款但仍有逾期信息，您可以通过以下方式处理：

1. 联系贷款机构或银行确认信息更新
   首先，建议您立即联系贷款机构或银行的客服部门，说明您已按时还款但系统仍显示逾期的情况。要求对方核实还款记录，并确认是否已更新您的信用状态。如果确认是系统延迟或操作失误导致的信息未更新，可要求对方出具书面证明或直接在系统中修正。

2. 检查还款渠道与到账时间
   如果贷款机构或银行确认未收到还款，您需要核实还款渠道（如银行卡转账、第三方支付平台等）是否成功扣款，以及款项是否已到账。若因节假日、银行系统维护等原因导致到账延迟，可向贷款机构提供还款凭证（如转账记录、支付截图等），要求其撤销逾期记录。

3. 向征信机构提出异议申请
   如果贷款机构或银行拒绝修正逾期信息，或逾期记录已被上传至征信系统，您可以向中国人民银行征信中心提出异议申请。根据《征信业管理条例》第二十五条，您有权要求征信机构对不实信息进行更正。提交异议申请时，需提供还款凭证、贷款机构出具的证明等材料，征信机构将在20日内核查并回复处理结果。

4. 关注后续信用记录与沟通
   即使逾期信息被修正，也建议您持续关注个人信用报告，确保信息准确无误。同时，与贷款机构保持良好沟通，避免因信息不对称导致类似问题再次发生。若因逾期产生额外费用（如罚息、违约金），可与贷款机构协商减免或调整。

温馨提示：逾期记录可能对个人信用产生负面影响，建议您未来按时还款，避免类似情况发生。如有其他法律问题，欢迎随时向我咨询。