关于合同和协议的区别，以及协议中部分条款内容违法能否判定为无效条款的问题，以下是我的详细解答：
合同和协议的区别
定义与性质：
- 合同：在法律上，合同是双方或多方当事人之间设立、变更、终止民事关系的协议。它通常具有明确的法律约束力，是民事法律行为的一种。
- 协议：协议则更广泛地指双方或多方就某一事项达成的一致意见或约定。它可以是口头的，也可以是书面的，不一定具有法律上的强制执行力，除非它符合合同法的规定并构成了合同。
法律效力：
- 合同：一旦成立并符合法律规定的生效条件，合同即具有法律效力，双方必须履行。
- 协议：如果协议不具备合同法的要素，或者只是双方之间的初步约定，那么它可能不具有直接的法律执行力。但一旦协议内容被双方明确并符合合同法的规定，它也可以转化为具有法律效力的合同。
形式与内容：
- 合同：通常要求具备明确的形式要件，如书面形式，并详细规定双方的权利和义务。
- 协议：形式更为灵活，可以是简单的口头约定，也可以是详细的书面文件。内容上，协议可能更侧重于双方的一致意见，而不一定详细规定所有法律条款。
协议中部分条款内容违法能否判定为无效条款
一般原则：
- 如果协议中的部分条款内容违反了法律、行政法规的强制性规定，或者违背了公序良俗，那么这些条款通常会被认定为无效。
无效条款的处理：
- 部分无效：如果协议中的某些条款无效，但不影响其他条款的效力，那么其他条款仍然有效。例如，一个包含多个交易条款的协议中，如果其中一个交易条款因违法而无效，但其他交易条款仍然合法有效，那么这些有效条款将继续对双方产生约束力。
- 整体无效：在某些情况下，如果无效条款是协议的核心或基础，且去除这些条款后协议无法继续履行或失去意义，那么整个协议可能会被认定为无效。
法律后果：
- 当协议中的部分或全部条款被认定为无效时，双方应根据法律规定和协议的其他有效条款来协商解决争议。如果无法协商解决，可以向法院提起诉讼，由法院根据法律规定和案件事实来判决。
举例说明：
假设甲乙双方签订了一份销售协议，其中约定了产品的价格、数量、交付方式等条款。但协议中还包含了一条违反法律强制性规定的条款，如“乙方无需对产品质量负责”。在这种情况下，该条款因违法而无效，但不影响协议中其他条款的效力。甲乙双方仍应按照协议中的其他有效条款来履行各自的义务。如果因产品质量问题产生争议，且无法协商解决，双方可以向法院提起诉讼。
总结与建议：
- 在签订协议时，双方应确保协议内容合法合规，避免包含违法或违背公序良俗的条款。
- 如果协议中的部分条款被认定为无效，双方应根据法律规定和协议的其他有效条款来协商解决争议。
- 在处理合同纠纷时，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议和帮助。
如果您在合同或协议方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。