结论：村里要收回您已经营三十年的荒坑是否合法，不能一概而论，需要结合该荒坑的土地性质、您的使用情况以及相关法律法规来综合判断。以下从不同角度为您详细分析：
一、土地性质角度
若荒坑属于集体建设用地或农用地：
- 根据《土地管理法》等相关法律法规，集体建设用地和农用地的使用需遵循严格的规划和管理规定。如果您未经批准擅自填平并使用该荒坑，可能构成违法用地行为。在此情况下，村里作为土地的所有者或管理者，有权要求您停止违法行为并恢复土地原状，甚至可能面临行政处罚。
- 但如果您在填平并使用该荒坑的过程中，已经取得了相关部门的批准或许可，且符合土地利用总体规划和城乡规划，那么您的使用行为可能是合法的。此时，村里要收回土地可能需要与您协商，并给予合理的补偿。
若荒坑属于未利用地（如荒地、滩涂等）：
- 未利用地的使用虽然相对灵活，但也需遵循相关法律法规和规划要求。如果您未经批准擅自改变土地用途（如将荒地变为建设用地或农用地），同样可能构成违法用地行为。
- 如果您在合理范围内使用未利用地，且未对土地造成破坏或污染，那么您的使用行为可能受到一定保护。但村里作为土地的所有者，仍有权根据土地利用规划和集体利益的需要，对土地进行收回或调整使用。
二、使用情况角度
长期稳定使用：
- 您已经营该荒坑三十年，如果在这期间您一直稳定、连续地使用该土地，且没有受到相关部门的处罚或制止，那么您的使用行为可能形成了一种事实上的占有和使用关系。这种关系虽然不等同于法律上的所有权或使用权，但在一定程度上可能受到法律的保护。
- 然而，这种保护并不是绝对的。如果村里能够证明该荒坑属于集体所有，且您的使用行为违反了相关法律法规或规划要求，那么村里仍有权要求您停止使用并收回土地。
投资与改善：
- 如果您在填平并使用该荒坑的过程中投入了大量资金进行改善和开发（如修建道路、灌溉设施等），那么这些投资可能构成您的合法权益。在村里要收回土地时，您有权要求村里给予合理的补偿。
三、法律建议
核实土地性质与规划：
- 首先，您需要核实该荒坑的土地性质（如集体建设用地、农用地或未利用地）以及土地利用总体规划和城乡规划要求。这可以通过向当地土地管理部门或规划部门查询获得。
收集使用证据：
- 其次，您需要收集能够证明您长期稳定使用该荒坑的证据（如照片、视频、证人证言等）以及您投入资金进行改善和开发的证据（如发票、合同等）。这些证据将有助于您在争议中维护自己的合法权益。
与村里协商或寻求法律途径：
- 在了解土地性质和使用情况后，您可以尝试与村里进行协商，寻求一个双方都能接受的解决方案。如果协商无果，您可以考虑通过法律途径来维护自己的权益（如提起行政诉讼或民事诉讼等）。
后续思考依据：在处理此类土地纠纷时，关键在于明确土地的性质、使用情况以及相关法律法规和规划要求。只有全面了解这些信息后，才能做出准确的判断和合理的决策。因此，我建议您在采取任何行动前先进行充分的调查和了解，并咨询专业律师的意见以确保自己的权益得到最大程度的保护。如果您还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。