针对您提出的“如果在劳动局有申诉的公司可以注销吗”这一问题，我们需要从多个角度来详细分析。

首先，要明确的是，公司在劳动局有申诉（或投诉）这一事实，并不直接决定公司是否可以注销。公司的注销是一个复杂的法律程序，它受到公司法、税法、劳动法等多部法律的共同规范。

一、公司注销的基本条件

公司注销通常需要满足一系列条件，包括但不限于：

1. 公司依法完成清算程序，包括债权债务的清理、资产的处置等。
2. 公司没有未了结的诉讼或仲裁案件，或者这些案件已经得到妥善处理。
3. 公司已经按照法律规定缴纳了所有应缴的税费。
4. 公司已经办理了所有必要的注销登记手续。

二、劳动局申诉对公司注销的影响

1. 如果申诉正在处理中：如果公司在劳动局的申诉正在处理过程中，且该申诉涉及公司的重大劳动权益或债务问题，那么这可能会成为公司注销的一个障碍。因为劳动局在处理申诉时，可能会要求公司配合调查、提供证据或履行相关义务。在公司未完成这些义务之前，劳动局可能会向相关部门提出异议，阻止公司的注销。

2. 如果申诉已处理完毕：如果公司在劳动局的申诉已经处理完毕，且公司已经按照处理结果履行了相关义务（如支付了拖欠的工资、赔偿了损失等），那么这通常不会对公司注销产生直接影响。但是，公司仍然需要确保其他注销条件得到满足。

三、特殊情形的考量

如果公司的劳动违法行为触及了国家强制性规定，严重侵害了公共利益或众多劳动者的权益（如非法使用童工、恶意大规模拖欠工资等），那么即使公司在劳动局的申诉已经处理完毕，相关部门在审批公司注销时也可能会更加谨慎。他们可能会要求公司提供更多的证明材料，以确保公司的注销不会损害公共利益或劳动者的合法权益。

四、建议与结论

1. 咨询专业律师：在考虑注销公司之前，建议公司咨询专业律师或法律援助机构，以了解具体的法律程序和可能面临的法律风险。

2. 全面评估：公司应全面评估自身在劳动局的申诉情况、其他未了结的诉讼或仲裁案件以及税务等问题，确保所有条件都得到满足后再进行注销。

3. 遵循法定程序：公司应严格按照公司法、税法、劳动法等法律的规定进行注销登记手续，确保程序的合法性和有效性。

综上所述，公司在劳动局有申诉并不直接决定其是否可以注销。公司是否可以注销取决于其是否满足注销的基本条件以及是否处理了所有相关的法律问题。因此，在考虑注销公司之前，建议公司进行全面的法律评估和咨询。