结论：小产权房买卖合同无效的情况下，一般不可以直接起诉主张未付房款，但具体情况需结合合同条款、双方行为及法律规定综合判断。以下从不同角度详细分析：

1. 合同无效的法律后果

根据《民法典》第一百五十七条，民事法律行为无效后，行为人因该行为取得的财产应当予以返还；不能返还或没必要返还的，应折价补偿。有过错的一方应赔偿对方损失，双方都有过错的，按各自过错承担责任。
具体到小产权房买卖：

• 若合同因违反法律强制性规定（如未取得合法产权证明）被认定无效，卖方需返还买方已支付的房款，买方需返还房屋（或折价补偿）。
  
• 关键点：合同无效后，双方恢复原状是原则，卖方无权直接要求买方支付未付房款，除非合同中有特殊约定或买方存在过错需赔偿。

2. 合同条款的特殊性

若买卖合同中明确约定“即使合同无效，买方仍需支付未付房款”，此类条款可能因违反法律强制性规定或公序良俗而被认定无效。
例外情形：

• 若合同无效仅因程序瑕疵（如未办理备案），而房屋本身具备合法建设手续，法院可能根据公平原则，允许卖方主张部分房款（如实际成本或合理对价）。
  
• 若买方明知房屋无产权仍购买，存在重大过错，卖方可主张买方赔偿损失（包括未付房款对应的损失），但需举证证明损失金额。

3. 实践中的处理方式

• 协商解决：双方可协商退还已付房款、补偿损失或达成其他和解方案。
  
• 诉讼路径：
  
  • 卖方可起诉要求确认合同无效，并主张买方返还房屋或折价补偿；
    
  • 若买方未支付房款导致卖方损失，卖方可另案主张损害赔偿（需证明损失与买方行为存在因果关系）。
    注意：法院通常不会直接支持“合同无效但买方需付房款”的诉求，除非符合上述例外情形。

4. 风险提示

• 卖方风险：若房屋已被拆除或无法返还，卖方可能面临无法追回房款的风险；
  
• 买方风险：若房屋被认定为违法建筑，买方可能面临房屋被没收、罚款等行政处罚，且已付房款可能难以全额追回。

建议

1. 审查合同条款：确认合同中是否有关于无效后房款处理的特殊约定；
   
2. 收集证据：保留房屋建设手续、付款凭证、沟通记录等，以证明双方过错及损失金额；
   
3. 咨询专业律师：结合具体案情，制定诉讼策略或协商方案。
   

如有进一步疑问，可直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律分析。