备案的房屋租赁合同是有效的。下面我将从多个角度为你详细分析这个问题：

一、合同生效要件与备案的关系

根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，依法成立的合同自成立时生效。房屋租赁合同作为一种债权合同，其生效并不以备案为法定要件。只要合同是双方当事人真实意思表示，内容不违反法律法规的强制性规定和公序良俗，且双方已达成一致并签字或盖章确认，该合同即成立并生效。备案主要是行政管理的一种手段，旨在加强对房屋租赁市场的管理，规范租赁行为，但它并不影响合同的法律效力。

二、备案的作用与意义

虽然备案不是合同生效的必要条件，但它确实具有一定的作用和意义。备案可以增强合同的公示性，使租赁关系更加透明，有助于预防纠纷的发生。例如，在涉及拆迁、租赁纠纷等情况下，备案的租赁合同可能因具有更强的公示性和官方认可性而更容易被认定和采信，为当事人提供更强的证据支持。此外，备案后承租人还可能享受相关公共服务，如子女入学、办理居住证等。

三、备案合同与实际履行合同不一致的情况

如果备案的房屋租赁合同与实际履行的合同内容不一致，那么其效力需根据具体情况判断。在司法实践中，法院通常会以实际履行的合同作为认定案件事实的依据，因为实际履行的合同更能反映双方当事人的真实意思表示和交易情况。然而，备案合同在某些情况下也可能具有一定的证明力，如涉及第三方权益或需要证明租赁关系存在时。但无论如何，备案合同的内容都不能直接推翻实际履行的合同，除非存在欺诈、胁迫等不正当手段。

四、特殊情形下的处理

有一种特殊情况需要注意，即“阴阳合同”问题。如果备案合同是为了逃避税收或其他监管要求而签订的虚假合同（即“阴合同”），而实际履行的合同才是双方的真实意思表示（即“阳合同”），那么这种阴阳合同行为可能因违反法律法规而无效。在此情况下，即使备案合同经过备案，也不能产生法律效力。

五、建议与总结

为了确保自身权益得到最大保障，我建议租赁双方在签订房屋租赁合同后及时办理备案手续。虽然备案不是合同生效的必要条件，但它可以增强合同的公示性、预防纠纷，并可能带来一些附加价值。同时，在签订合同时，双方应确保合同内容真实、合法、有效，并严格按照合同约定履行各自义务。如果遇到任何问题或纠纷，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议和帮助。