政府协议能否变更收款主体，需根据具体情况及法律规定进行判断，一般情况下，若符合法定条件且程序合法，是可以变更的。以下从多个角度进行分析：

一、合同变更的法律依据

根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人协商一致，可以变更合同。政府协议，作为合同的一种形式，同样适用这一原则。因此，如果政府与收款主体（或原合同相对方）能够就变更收款主体达成一致意见，并签订书面变更协议，那么这种变更是合法的。

二、变更收款主体的具体条件

1. 双方协商一致：变更收款主体必须得到政府与原收款主体（或合同相对方）的共同同意。这是合同变更的基本原则，也是保障双方权益的重要前提。

2. 不违反法律法规：变更收款主体不得违反国家法律法规的强制性规定，如不得损害国家利益、社会公共利益或第三人利益。

3. 程序合法：如果政府协议涉及公共利益或财政资金使用，变更收款主体可能还需要经过相关部门的审批或备案程序。这是确保政府行为合法性和透明性的重要措施。

三、变更收款主体的法律后果

1. 合同权利义务的转移：变更收款主体后，原合同中的收款权利义务将由新的收款主体承担。这要求新收款主体具备履行合同的能力，并愿意承担相应的法律责任。

2. 可能涉及的税费问题：变更收款主体可能涉及税费的变化，如增值税、所得税等。因此，在变更前，双方应咨询税务部门，了解相关税费政策，确保变更的合法性和经济性。

3. 对第三方的影响：如果政府协议涉及第三方利益，如供应商、承包商等，变更收款主体可能对这些第三方的权益产生影响。因此，在变更前，应充分考虑第三方的利益，并可能需要进行相应的通知或协商。

四、实际操作中的建议

1. 签订书面变更协议：为确保变更的合法性和有效性，双方应签订书面变更协议，明确变更的内容、时间、方式等关键条款。

2. 咨询专业律师：由于政府协议涉及的法律问题较为复杂，建议在变更前咨询专业律师，了解相关法律法规和政策，确保变更的合法性和合规性。

3. 履行相关程序：如果变更涉及审批或备案程序，应按照相关规定履行程序，确保政府行为的合法性和透明性。

若您有具体的政府协议变更收款主体的问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供专业的法律意见和解决方案。