结论：公积金贷款扣最低还款额是否算逾期，需分情况讨论，主要取决于贷款合同约定及还款方式。

1. 若贷款合同明确约定“最低还款额”且允许按此方式还款
   若公积金贷款合同中明确约定了“最低还款额”制度（如部分银行推出的灵活还款计划），且借款人按合同约定的最低金额还款，则不构成逾期。此时，最低还款额是合同允许的还款方式之一，未足额偿还的部分可能会计收利息，但不会触发逾期记录或罚息。

2. 若贷款合同未约定“最低还款额”，仅允许“全额还款”
   若公积金贷款合同未约定最低还款额，而是要求借款人每月按固定金额（如等额本息或等额本金）全额还款，则：

   • 若借款人仅按“最低还款额”还款，未足额偿还部分将视为逾期。此时，银行或公积金管理中心可能按合同约定收取逾期罚息，并将逾期记录上报征信系统，影响个人信用。
     
   • 例外情形：若借款人因特殊原因（如临时资金困难）与贷款机构协商一致，临时调整还款计划（如延期还款或分期还款），且双方签订书面协议，则按协议执行，不构成逾期。

3. 关键提示：公积金贷款的特殊性
   公积金贷款通常由各地公积金管理中心或委托银行发放，其还款规则可能因地区而异。部分地区可能允许借款人申请“还款宽限期”或“灵活还款”，但需提前申请并经审核同意。未经同意擅自按最低还款额还款，仍可能被认定为逾期。

建议行动：

• 立即查阅公积金贷款合同，确认是否约定“最低还款额”及还款规则；
  
• 若合同未约定或不确定，直接联系贷款银行或公积金管理中心，说明还款困难，申请协商调整还款计划；
  
• 避免因误解还款规则导致逾期，影响个人征信。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询公积金贷款相关法律问题。