核心结论：凌晨两人跟车查酒驾的行为是否合法及如何处理，需根据行为主体身份、行为性质及具体操作方式综合判断，可能涉及合法协助执法、非法拦截或侵犯隐私等不同法律后果。以下分情况说明：

1. 若两人是交警或受交警委托的合法协助人员

• 合法性：根据《道路交通安全法》及《交通警察道路执勤执法工作规范》，交警有权在凌晨等时段设卡检查酒驾，且可委托辅警或志愿者协助维持秩序、引导车辆，但核心执法权（如检测酒精、处罚）必须由正式交警行使。
• 处理方式：
  • 若两人仅协助引导车辆、观察驾驶员状态（如是否脸红、言语不清），未直接实施检测或处罚，属于合法行为；
  • 若两人中至少一名是正式交警，且全程按规范操作（如使用呼气式酒精检测仪、出示证件等），行为完全合法；
  • 关键点：必须穿着制服、出示证件，且检查程序符合规定（如不得随意拦截正常行驶车辆，需在合理地点设卡）。

2. 若两人是普通公民（非执法人员）自行跟车查酒驾

• 非法性：普通公民无执法权，私自拦截车辆、检查驾驶员或要求检测酒精，可能涉嫌以下违法或犯罪行为：
  • 非法拦截交通工具：根据《治安管理处罚法》第23条，非法拦截机动车影响正常行驶的，可处警告或200元以下罚款；情节较重的，处5-10日拘留；
  • 侵犯隐私或人身权利：若强行检查驾驶员身体、搜查车辆或限制人身自由，可能涉嫌《刑法》第245条的非法搜查罪或第238条的非法拘禁罪；
  • 冒充执法人员：若伪造制服、证件冒充交警，可能涉嫌《刑法》第280条的招摇撞骗罪。
• 处理方式：
  • 驾驶员可拒绝检查并报警，警方将依法对两人进行处罚；
  • 若两人行为导致交通事故或人身伤害，还需承担民事赔偿责任。

3. 若两人是受单位委托的“内部监督人员”（如企业安保）

• 合法性存疑：企业无权自行设立酒驾检查点，但可在内部停车场或厂区门口对员工进行安全提示（如观察是否饮酒后驾车进入）。若超出此范围（如到公共道路拦截），仍属非法。
• 处理方式：
  • 企业应通过培训、宣传等方式预防员工酒驾，而非直接拦截检查；
  • 若员工酒驾，企业可向交警举报，由交警依法处理。

建议

1. 对驾驶员：若遇非交警人员拦车查酒驾，可要求对方出示证件，拒绝非法检查并立即报警；
2. 对“跟车检查者”：若意图协助维护交通秩序，应联系交警部门申请合法协助，切勿自行行动；
3. 对单位：可通过内部管理措施（如安装监控、签订安全承诺书）预防酒驾，避免越权执法。

提示：法律对执法权有严格限制，任何公民或组织均不得擅自行使。如有具体案件或疑问，可进一步向我咨询细节。