破产公司的管理人起诉债务人时，债务人可以以超过诉讼时效为由进行抗辩。以下是对此问题的详细分析：
一、诉讼时效的基本概念
诉讼时效是指民事权利受到侵害的权利人在法定的时效期间内不行使权利，当时效期间届满时，债务人获得诉讼时效抗辩权。在法律规定的诉讼时效期间内，权利人提出请求的，人民法院就强制义务人履行所承担的义务。而在法定的诉讼时效期间届满之后，权利人行使请求权的，人民法院就不再予以保护。
二、破产程序中诉讼时效的适用
债权申报与诉讼时效：
- 根据《中华人民共和国企业破产法》的相关规定，未到期的债权在破产申请受理时视为到期，债权人有权申报债权。这包括那些已超过诉讼时效的债权，但申报并不意味着债权必然得到确认和清偿。
- 管理人收到债权申报材料后，会进行审查并编制债权表。对于超过诉讼时效的债权，管理人可能会提出异议，并要求债权人提供证据证明诉讼时效的中断或重新计算。
诉讼时效的中断与重新计算：
- 在某些情况下，如债权人向债务人发出催收到期贷款通知单，且债务人在通知单上签字或盖章，能够认定借款人同意履行诉讼时效期间已经届满的义务的，诉讼时效可能中断并重新计算。
- 然而，在破产程序中，这种中断和重新计算的情况可能更为复杂，需要具体分析债权申报、管理人审查、债权人会议核查以及法院裁定等各个环节。
三、债务人以超过诉讼时效抗辩的后果
债权确认：
- 如果债务人提出超过诉讼时效的抗辩，且经法院审查认为该债权确已超过诉讼时效且无正当理由的，法院可能不会确认其作为有效破产债权。
- 这意味着，即使债权人申报了债权，也可能因超过诉讼时效而无法在破产程序中获得清偿。
受偿顺序与比例：
- 即使超过诉讼时效的债权被确认为破产债权，其在破产财产分配中的受偿顺序和比例也可能受到影响。根据法律规定，普通破产债权在优先清偿破产费用和共益债务后，按照法定顺序清偿。而超过诉讼时效的债权可能因缺乏法律保护而被视为劣后债权，或在清偿顺序上处于不利地位。
四、实际操作建议
债务人角度：
- 如果债务人认为债权人的请求已超过诉讼时效，应在收到债权申报材料或管理人通知后，及时提出抗辩，并提供相关证据证明诉讼时效已届满。
- 债务人还可以积极参与债权人会议，对超过诉讼时效的债权提出异议，并要求法院进行审查。
债权人角度：
- 债权人应确保在诉讼时效期间内行使权利，如及时发出催收到期贷款通知单、提起诉讼或申请仲裁等。
- 如果债权已超过诉讼时效，债权人可以尝试与债务人协商，看是否能够达成新的协议或债务承担意思表示，从而中断诉讼时效并重新计算。
总结来说，破产公司的管理人起诉债务人时，债务人确实可以以超过诉讼时效为由进行抗辩。这要求债务人在破产程序中保持警惕，及时提出抗辩并提供相关证据。同时，债权人也应确保在诉讼时效期间内行使权利，以维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。