结论：未经房屋所有人同意擅自办理营业执照的行为，其撤销依据主要基于《中华人民共和国市场主体登记管理条例》等相关法律法规，具体可从行政撤销和民事诉讼两个角度进行理解和操作。
一、行政撤销角度
法律依据：
- 根据《中华人民共和国市场主体登记管理条例》第四十条，提交虚假材料或者采取其他欺诈手段隐瞒重要事实取得市场主体登记的，受虚假市场主体登记影响的自然人、法人和其他组织可以向登记机关提出撤销市场主体登记的申请。
- 同时，该条例第四十四条也规定，如果市场主体登记机关发现通过欺诈手段取得登记的，应当依法予以撤销。
操作流程：
- 房屋所有人作为受影响的自然人或法人，可以向登记机关（通常是市场监督管理局）提出撤销营业执照的申请。
- 申请时，需要提供相关证据证明营业执照的办理是未经其同意的，且存在欺诈行为，如伪造签名、提供虚假房屋租赁合同等。
- 登记机关在收到申请后，会进行调查核实，如果确认存在欺诈行为，会依法撤销该营业执照。
注意事项：
- 房屋所有人在提出撤销申请时，应确保提供的证据真实、有效，能够充分证明其主张。
- 如果登记机关在调查过程中发现证据不足或存在争议，可能会要求房屋所有人进一步补充证据或进行听证。
二、民事诉讼角度
法律依据：
- 如果行政撤销途径无法解决问题，或者房屋所有人希望直接通过法律手段维护自己的权益，可以选择向人民法院提起民事诉讼。
- 诉讼的法律依据主要是《中华人民共和国民法典》中关于侵权责任的规定，即未经房屋所有人同意擅自使用其房屋进行经营活动，构成侵权行为，房屋所有人有权要求侵权人停止侵害、赔偿损失等。
操作流程：
- 房屋所有人需要准备起诉状和相关证据材料，向有管辖权的人民法院提起诉讼。
- 法院在受理案件后，会进行审理并作出判决。如果判决支持房屋所有人的诉讼请求，侵权人将被要求停止使用房屋进行经营活动，并可能承担赔偿损失等法律责任。
注意事项：
- 在提起民事诉讼前，房屋所有人应充分评估诉讼风险和成本，确保诉讼的可行性和必要性。
- 在诉讼过程中，房屋所有人应积极配合法院的审理工作，提供必要的证据和协助。
三、综合建议
- 及时行动：一旦发现未经同意擅自办理营业执照的情况，房屋所有人应尽快采取行动，通过行政撤销或民事诉讼等途径维护自己的权益。
- 保留证据：在整个过程中，房屋所有人应妥善保留相关证据，如房屋产权证明、未经同意的办理营业执照的相关材料等，以备不时之需。
- 咨询专业律师：虽然我在这里提供了一些基本的法律建议，但每个案件的具体情况都有所不同。因此，在处理此类问题时，房屋所有人最好咨询专业律师的意见，以便更准确地把握法律风险和维权策略。
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