《中华人民共和国食品安全法》中并未直接规定留样时荤素必须分开存放。不过，我们可以从相关法规和实际操作的角度来详细分析这一问题：

1. 留样制度的基本要求：

   • 根据《中华人民共和国食品安全法》以及相关的餐饮服务食品安全操作规范，食品留样是确保食品安全的重要措施之一。
   • 留样的目的在于当发生食物中毒等食品安全事件时，能够提供样品进行检验，从而查明原因，采取相应的措施。

2. 关于留样存放的具体规定：

   • 虽然《食品安全法》没有明确规定荤素必须分开存放，但《餐饮服务食品安全操作规范》等规范性文件通常建议或要求留样食品应按品种分别盛放于清洗消毒后的密闭专用容器内。
   • 在实际操作中，为了防止交叉污染和便于管理，很多餐饮单位会选择将荤素食品分开存放。这种做法虽然不是法律强制要求的，但它是基于食品安全管理和风险控制的合理考虑。

3. 实际操作中的建议：

   • 餐饮单位在留样时，应确保留样食品的容器清洁、密闭，并标注留样食品名称、留样时间等信息。
   • 为了降低交叉污染的风险，建议将荤素食品分开存放，并分别记录留样情况。
   • 留样食品应保存在冷藏设备中，保存时间一般不少于48小时，以便在需要时进行检验。

4. 法律责任与风险防控：

   • 如果餐饮单位未按照规定进行食品留样，一旦发生食品安全事件，可能会面临法律责任和声誉损失。
   • 因此，即使法律没有明确规定荤素必须分开存放，餐饮单位也应从风险防控的角度出发，采取合理的措施确保食品安全。