结论：公司年终奖分两次发放而第二次不给，是否可以申请劳动仲裁，取决于年终奖的性质、发放约定以及公司未发放的具体原因。以下从不同角度进行分析：
一、年终奖的性质与发放约定
年终奖作为劳动报酬的一部分：
- 如果年终奖被明确约定为劳动报酬的一部分，且公司有明确的发放制度或劳动合同中有相关约定，那么公司应当按照约定发放。若公司未发放第二次年终奖，则构成违约，劳动者有权申请劳动仲裁要求公司支付。
年终奖作为激励性奖励：
- 如果年终奖是公司为了激励员工而设立的奖励，且发放与否、发放金额等由公司自主决定，没有明确的合同约定或制度规定，那么公司可能有一定的自主权。但即便如此，如果公司之前已经承诺或暗示会发放第二次年终奖，而后来又未发放，劳动者仍可能基于诚信原则或公司内部规定等主张权利。
二、公司未发放第二次年终奖的具体原因
公司经营困难或资金问题：
- 如果公司因经营困难或资金问题无法发放第二次年终奖，这并不构成免除支付义务的理由。除非公司能够证明其确实无力支付，且已经与劳动者进行了协商并达成了共识。否则，劳动者仍有权申请劳动仲裁要求公司支付。
劳动者个人原因：
- 如果公司未发放第二次年终奖是因为劳动者个人原因（如严重违反公司规章制度、给公司造成重大损失等），且公司有明确的制度规定或劳动合同中有相关约定，那么公司可能有权拒绝支付。但在此情况下，公司需要提供充分的证据证明劳动者的行为符合拒绝支付年终奖的条件。
三、法律建议与行动步骤
收集证据：
- 劳动者应首先收集与年终奖相关的证据，包括劳动合同、公司制度、发放记录、沟通记录等，以证明年终奖的存在、发放约定以及公司未发放的事实。
与公司协商：
- 在申请劳动仲裁前，劳动者可以尝试与公司进行协商，了解公司未发放第二次年终奖的具体原因，并寻求解决方案。如果协商无果，再考虑申请劳动仲裁。
申请劳动仲裁：
- 如果劳动者认为公司未发放第二次年终奖的行为侵犯了其合法权益，可以向当地劳动仲裁委员会申请劳动仲裁。在申请时，需要提交仲裁申请书、相关证据材料等。
寻求法律援助：
- 如果劳动者在申请劳动仲裁过程中遇到困难或需要法律帮助，可以寻求专业律师的协助。律师可以提供法律咨询、代理仲裁等服务，帮助劳动者维护其合法权益。
进一步思考：在处理此类纠纷时，劳动者应充分了解年终奖的性质和发放约定，以及公司未发放的具体原因。同时，劳动者也应积极收集证据，与公司进行协商，并在必要时申请劳动仲裁以维护自己的合法权益。如果劳动者对此类问题存在疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。