公司代理法人免责协议的有效性需分情况讨论，其效力具有相对性，不能一概而论。以下从不同角度为你详细分析：
一、协议对内的有效性
在公司内部，即代理法人与公司实际控制人或股东之间，如果免责协议是双方真实意思表示，内容不违反法律、行政法规的强制性规定，且不违背公序良俗，那么该协议在双方之间通常具有法律约束力。这意味着，当公司面临某些责任时，代理法人可以依据该协议向实际控制人或股东进行追偿，前提是责任并非由代理法人的故意或重大过失行为导致。
举例说明：假设公司实际控制人因个人决策导致公司面临行政处罚，而代理法人在这一过程中并无过错，且双方事先签订了免责协议，明确在此类情况下代理法人不承担责任。那么，代理法人有权依据该协议免除自己的责任，并向实际控制人追偿因处罚给公司带来的损失（若协议中有此约定）。
二、协议对外的无效性
然而，该免责协议不能对抗善意第三人。法定代表人是公司对外进行民事活动的代表，其以公司名义实施的行为，法律后果由公司承担。因此，当公司出现违法违规行为或需要承担民事责任时，善意第三人有权要求法定代表人（即代理法人）代表公司承担相应责任，而不受免责协议的影响。
举例说明：如果公司因产品质量问题给消费者造成损害，消费者有权要求公司（即通过其法定代表人代理法人）承担赔偿责任。此时，即使代理法人与公司实际控制人之间签订了免责协议，也不能成为代理法人拒绝承担责任的理由。
三、协议的局限性及无效情形
法律审查的严格性：任何试图规避法律责任的协议都可能面临法律的严格审查。如果协议内容违反法律法规的强制性规定，或者存在欺诈、胁迫等违法情形，该协议可能被认定为无效。例如，协议中约定代理法人对任何情况下都不承担责任，包括因其故意或重大过失行为导致的责任，这样的条款是无效的。
法定职责与责任的不可免除性：对于一些法定代表人的法定职责和责任，免责协议无法免除。如果代理法人在履行职务过程中存在故意或重大过失行为，损害了公司或他人的利益，即使有免责协议，也不能完全免除其应承担的法律责任。
实际操作的复杂性：即使协议本身没有法律问题，但在实际操作中也可能因多种因素导致其效力受到质疑。例如，代理法人明知或应知实际控制人存在违法行为而仍然提供代持服务，可能无法仅凭免责协议摆脱法律责任。
四、建议与指导
谨慎制定与签署协议：在制定和签署免责协议时，必须确保其内容合法、合规，且双方的意思表示真实、自愿。建议双方在签署前进行充分的沟通和协商，明确各自的权利和义务。
风险意识与分担机制：商业活动中的风险是多种多样的，仅仅依靠一份免责协议来规避所有风险是不现实的。因此，建议双方在协议中明确可能出现的风险和责任分担方式，以增强对风险的应对能力。
寻求专业法律帮助：在制定和审核免责协议时，考虑寻求专业律师的帮助，以确保其合法性和有效性。作为专业律师，我能够提供更全面的法律意见和指导，帮助你规避潜在的法律风险。
综上所述，公司代理法人免责协议并非绝对有效或无效，其效力取决于多种因素。在实际操作中，应谨慎对待此类协议，并确保其内容合法、合规且具有可操作性。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。