结论：注册了再生资源回收公司后在异地设仓库存放是否合法，需结合具体情况判断，主要涉及是否符合工商登记、环保、消防及行业特殊规定等多方面要求。以下从不同角度详细分析：

一、工商登记与经营场所要求

1. 一般原则：根据《公司法》及《市场主体登记管理条例》，公司经营场所应与登记地址一致。若在异地设立仓库，需考虑是否属于“经营场所”范畴。若仓库仅用于存储，不涉及销售、加工等经营活动，可能不视为主要经营场所，但仍需向当地市场监管部门备案或办理分支机构登记。

   • 例外情形：若仓库属于公司内部物流环节的一部分，且不独立对外经营，可能无需单独登记，但需确保符合物流管理相关规定。

2. 分支机构登记：若仓库规模较大或涉及独立管理，建议办理分支机构登记，以避免因“擅自变更经营场所”被行政处罚（如罚款、责令整改等）。

二、环保与行业特殊规定

1. 再生资源回收行业特殊性：该行业受《再生资源回收管理办法》等法规约束，仓库需符合环保要求，如防渗漏、防扬散、分类存放等。若仓库未达到环保标准，可能面临环保部门处罚（如停业整顿、罚款）。

   • 示例：若仓库内存放废旧电池、废机油等危险废物，需按《危险废物经营许可证管理办法》取得许可，否则构成非法经营。

2. 跨区域经营限制：部分地区对再生资源回收企业跨区域经营有额外限制（如需取得当地环保部门前置审批），需提前咨询仓库所在地主管部门。

三、消防与安全要求

1. 仓库消防标准：根据《消防法》及《建筑设计防火规范》，仓库需配备消防设施（如灭火器、烟雾报警器）、设置安全通道，并定期接受消防检查。若仓库未达标，可能被责令整改或罚款。

   • 风险提示：再生资源（如废纸、塑料）易燃，若消防措施不到位，可能引发火灾，企业需承担民事赔偿甚至刑事责任（如失火罪）。

2. 安全管理制度：仓库需建立安全管理制度，明确责任人，定期培训员工，确保操作规范。

四、税务与合规建议

1. 税务登记：若仓库独立核算，需在当地办理税务登记，避免税务风险。
2. 合规建议：
   • 提前规划：在设立仓库前，咨询当地市场监管、环保、消防部门，明确具体要求。
   • 签订合同：与仓库出租方明确责任划分（如环保、消防责任），避免纠纷。
   • 定期自查：建立内部合规检查机制，确保仓库持续符合法规要求。

五、法律后果总结

1. 合法情形：若仓库仅用于存储，且符合工商、环保、消防要求，无需单独登记或取得许可，则合法。
2. 违法情形：
   • 未办理分支机构登记或备案；
   • 未达到环保、消防标准；
   • 擅自存储危险废物；
   • 跨区域经营未取得前置审批。
   • 后果：可能面临行政处罚（罚款、停业整顿）、民事赔偿（如火灾导致他人损失）或刑事责任（如非法经营罪、失火罪）。

建议：若您计划在异地设立仓库，建议先委托律师或专业机构进行合规审查，确保所有手续齐全、标准达标。如有具体问题，可直接向我咨询，我将结合您的实际情况提供详细方案。