结论：宅基确权纠纷中“超二十年不能起诉”的说法，通常与诉讼时效制度相关，但具体是否适用及如何适用，需结合纠纷性质、法律规定及实际情况综合判断。以下从不同角度详细分析：
一、诉讼时效的基本概念
诉讼时效是指民事权利受到侵害的权利人在法定的时效期间内不行使权利，当时效期间届满时，债务人获得诉讼时效抗辩权。在宅基确权纠纷中，若涉及的是请求确认宅基地使用权或返还宅基地等请求权，则可能受到诉讼时效的限制。然而，并非所有宅基确权纠纷都适用诉讼时效制度，特别是当纠纷涉及物权确认时，诉讼时效可能不适用。
二、宅基确权纠纷与诉讼时效的适用
物权确认纠纷：
- 宅基地使用权属于物权范畴，根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，物权的请求权通常不受诉讼时效的限制。因此，在宅基确权纠纷中，如果争议焦点是宅基地使用权的归属问题，即物权确认纠纷，那么“超二十年不能起诉”的说法可能不成立。
债权请求权纠纷：
- 如果宅基确权纠纷中涉及的是基于合同、侵权等产生的债权请求权，如请求返还宅基地上的建筑物、赔偿损失等，则可能受到诉讼时效的限制。根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条的规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年（特殊情况可延长）。但需注意，诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。如果权利人在此期间内未行使权利，且义务人提出诉讼时效抗辩，则权利人可能丧失胜诉权。
特殊情况下的诉讼时效：
- 在某些特殊情况下，如权利人因不可抗力或其他障碍不能行使请求权的，诉讼时效可能中止或中断。此外，如果纠纷涉及的是持续性的侵权行为，如非法占用宅基地等，诉讼时效可能从侵权行为终止之日起计算。
三、“超二十年不能起诉”的具体分析
- 二十年期限的来源：在民法中，确实存在最长诉讼时效期间的规定，即自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护。但这一规定主要适用于债权请求权，且存在例外情况。
- 宅基确权纠纷的特殊性：由于宅基地使用权属于物权范畴，且宅基确权纠纷往往涉及历史遗留问题、政策调整等因素，因此不能简单地适用“超二十年不能起诉”的规则。
- 实际案例与司法实践：在司法实践中，宅基确权纠纷的处理往往更加注重事实认定和政策适用，而非单纯地依据诉讼时效进行裁判。因此，即使纠纷发生时间较长，只要权利人能够提供充分的证据证明其宅基地使用权的合法性，仍有可能获得法院的支持。
四、法律建议
- 及时咨询专业律师：宅基确权纠纷涉及复杂的法律问题和政策规定，建议权利人及时咨询专业律师，以便更好地维护自己的合法权益。
- 收集并保存证据：权利人应尽可能收集并保存与宅基地使用权相关的证据材料，如宅基地使用证、建房审批手续、历史照片等，以便在纠纷发生时提供有力的支持。
- 关注政策动态：由于宅基确权纠纷往往与政策调整密切相关，权利人应密切关注相关政策动态，及时了解政策变化对纠纷处理的影响。
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