核心结论：未经批准占用国有建设用地期间，土地出让金的处理需根据占用行为的性质、是否补办审批手续以及相关法律法规的具体规定综合判断，具体分为以下几种情形：

1. 若占用行为被认定为违法用地且未补办审批手续
   根据《中华人民共和国土地管理法》第七十七条及《中华人民共和国城市房地产管理法》第四十五条，未经批准占用国有建设用地属于违法行为，土地出让金的处理原则如下：

   • 出让金不予确认：因未通过合法程序取得土地使用权，占用期间无需支付土地出让金，但需承担行政处罚责任（如罚款、限期拆除或没收地上建筑物）。
     
   • 行政处罚优先：自然资源主管部门可依据《土地管理法实施条例》第五十七条，按占用面积处每平方米100元以上1000元以下罚款，并责令退还土地。
     
   • 例外情形：若占用行为符合《土地管理法》第五十三条规定的“临时用地”情形（如工程建设施工需要），可依法申请临时用地许可，但需按临时用地合同约定支付补偿费，而非土地出让金。

2. 若占用行为事后补办审批手续并完善出让程序
   根据《协议出让国有土地使用权规范》第八条，对历史遗留的未经批准占用国有建设用地问题，若符合土地利用总体规划和城市规划，可按以下方式处理：

   • 补缴出让金：占用方需与自然资源主管部门签订《国有建设用地使用权出让合同》，按评估地价补缴土地出让金，并办理土地使用权登记。
     
   • 出让金计算基准：以补办出让手续时点的市场评估价为准，而非占用期间的土地价值。
     
   • 行政处罚与出让金并行：补缴出让金不免除违法占用期间的行政处罚责任，需同时承担罚款等法律后果。

3. 若占用行为涉及司法裁判或政府收回土地

   • 司法裁判情形：若法院判决占用方返还土地或确认土地使用权归属，出让金问题需根据判决结果处理。若判决占用方取得土地使用权，则需补缴出让金；若判决返还土地，则无需支付出让金，但可能需赔偿土地所有权人损失。
     
   • 政府收回土地情形：根据《城镇国有土地使用权出让和转让暂行条例》第四十七条，政府因公共利益需要收回土地的，应按剩余使用年限评估补偿，但占用期间未合法取得土地使用权的，补偿范围可能不包括土地出让金。

实务建议：

• 占用方应立即停止违法行为，主动与自然资源主管部门沟通，评估是否符合补办审批手续的条件。
  
• 若涉及复杂历史遗留问题，建议委托专业机构进行土地权属调查和价值评估，避免因程序瑕疵导致额外损失。
  
• 政府或土地所有权人发现违法占用行为时，应及时启动行政处罚程序，并依法主张土地出让金或补偿权益。
  

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