关于新农合省内异地就医是否需要备案的问题，这主要取决于具体的就医情况和当地的医保政策。一般来说，如果涉及到跨市就医，通常是需要进行备案的。

以您提到的寿县新农合社保在合肥市第二人民医院手术住院的情况为例，根据寿县医疗保障局的回复，新农合省内市外就诊备案是统一在患者户籍地乡镇所属医共体牵头单位办理的。这意味着，如果您或您的家人需要在合肥这样的市外地区就医，并且希望使用新农合进行报销，那么就需要先在户籍地的乡镇医共体牵头单位进行备案。

备案的具体流程可能包括填写相关的备案表格、提供身份证明、新农合参保证明以及就医的相关信息等。备案完成后，您或您的家人在就医时就可以按照新农合的政策进行报销了。

另外，值得注意的是，不同地区的医保政策可能有所不同，因此备案的具体要求和流程也可能存在差异。为了确保备案的顺利进行，建议您在就医前先咨询户籍地的医保部门或乡镇医共体牵头单位，了解具体的备案要求和流程。

此外，如果您已经办理了异地长期居住备案，并且长期有效且未变更居住地，那么在这种情况下可能无需重新备案。但这也需要根据具体的医保政策来确定。

总的来说，新农合省内异地就医是否需要备案，最好先咨询当地的医保部门或相关机构，以获取最准确和最新的信息。这样可以确保您在就医时能够顺利享受新农合的报销政策。