建筑工程补充协议在符合法律规定且不违反原招标文件及合同实质性内容的情况下，一般不能直接推翻原招标文件及合同，但在特定条件下可以对原合同内容进行变更或补充。以下从不同角度进行详细分析：

一、补充协议的法律效力基础

1. 合同自由原则：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同双方当事人在平等、自愿的基础上，可以协商变更或补充合同内容。补充协议作为原合同的组成部分，其法律效力来源于合同双方当事人的合意。

2. 不违反法律强制性规定：补充协议的内容必须合法，不得违反法律、行政法规的强制性规定，也不得违背公序良俗。如果补充协议的内容违反了这些规定，那么该部分内容将被视为无效。

二、补充协议与原招标文件及合同的关系

1. 一致性要求：补充协议通常是对原合同的补充或修改，其内容应当与原合同保持一致，不得对原合同的实质性内容进行变更。原招标文件及合同中的实质性内容，如工程范围、建设工期、工程质量、工程价款等，是合同双方当事人权利义务的基础，一般不允许通过补充协议进行变更。

2. 变更的例外情况：虽然补充协议一般不能变更原合同的实质性内容，但在某些特定情况下，如因设计变更、规划调整等不可抗力因素导致原合同无法继续履行时，合同双方当事人可以协商变更原合同内容，并签订补充协议。这种情况下，补充协议的内容虽然与原合同有所不同，但并不构成对原合同的推翻，而是对原合同的合理调整。

三、补充协议推翻原招标文件及合同的法律后果

1. 无效风险：如果补充协议的内容违反了法律、行政法规的强制性规定，或者违背了原招标文件及合同的实质性内容，那么该补充协议可能被视为无效。在这种情况下，合同双方当事人需要按照原招标文件及合同的内容继续履行义务。

2. 纠纷解决：如果因补充协议的内容产生纠纷，合同双方当事人可以通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式解决。在解决纠纷时，法院或仲裁机构会综合考虑原招标文件、原合同以及补充协议的内容，判断补充协议的效力以及合同双方当事人的权利义务。

四、实际操作建议

1. 谨慎签订补充协议：在签订补充协议前，合同双方当事人应当仔细审查原招标文件及合同的内容，确保补充协议的内容不违反原合同的实质性规定。同时，补充协议的内容应当明确、具体，避免产生歧义。

2. 保留相关证据：在签订和履行补充协议的过程中，合同双方当事人应当保留好相关证据，如会议纪要、往来函件、支付凭证等。这些证据在解决纠纷时将起到重要作用。

3. 及时咨询专业律师：如果合同双方当事人对补充协议的效力或内容存在疑问，或者因补充协议产生纠纷，建议及时咨询专业律师。律师可以根据具体情况提供法律意见和解决方案，帮助合同双方当事人维护自身合法权益。

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