核心结论：在起诉对方公司胜诉后，若欠款由法院转来但对方未开票，企业仍可按照实际收到的款项进行入账处理，但需注意税务合规性及证据留存。以下是具体分析：

1. 入账依据与原则
   根据《企业会计准则》及《税收征收管理法》相关规定，企业入账的核心依据是实际发生的经济业务及合法有效的凭证。虽然对方未开具发票，但法院的生效判决、执行文书（如《执行裁定书》《案款发放通知书》）及银行收款回单等，均可作为证明款项性质（如货款、赔偿款等）的合法凭证。因此，企业可依据上述文件将款项计入相应会计科目。

2. 具体入账方式

   • 若款项为货款或合同欠款：
     借记“银行存款”，贷记“应收账款——XX公司”。此时虽无发票，但需在备查簿中记录未开票情况，并留存法院文书作为税务检查时的说明材料。
     
   • 若款项为赔偿款或违约金：
     借记“银行存款”，贷记“营业外收入——赔偿收入”。此类收入通常需缴纳企业所得税，但无需以发票作为税前扣除凭证（根据《企业所得税税前扣除凭证管理办法》第九条，对方为依法无需办理税务登记的单位或从事小额零星经营业务的个人时，可凭收款凭证及内部凭证扣除；而法院判决属于合法凭证，可直接作为税前扣除依据）。

3. 税务处理与风险提示

   • 增值税方面：若款项属于增值税应税项目（如货款），对方未开票可能导致企业无法抵扣进项税额。此时可向对方催要发票，若对方拒不开具，可向当地税务局举报（根据《发票管理办法》第三十五条，应开票而未开票的，由税务机关责令改正，并可处罚款）。
     
   • 企业所得税方面：法院判决文书可作为税前扣除凭证，但需确保款项性质与判决一致。若税务机关质疑，企业需提供完整证据链（如合同、诉讼材料、收款记录等）证明业务真实性。
     
   • 长期风险：若对方未来补开发票，企业需调整当期账目（如冲减“应收账款”、补记“进项税额”），避免重复入账或税务风险。

4. 操作建议

   • 留存证据：将法院判决、执行文书、银行回单等文件整理归档，并标注“未开票”字样。
     
   • 沟通催要：通过书面函件或律师函要求对方开具发票，明确法律后果（如税务处罚、诉讼风险）。
     
   • 税务申报：在所得税汇算清缴时，将法院文书作为附件提交，说明未开票原因及款项性质。
     
   • 咨询专业机构：若款项金额较大或涉及复杂税务问题，可委托会计师事务所或税务师事务所协助处理。

总结：未开票不影响款项入账，但需以法院文书为合法凭证，并关注税务合规性。建议企业优先通过沟通催要发票，同时完善内部证据留存，以降低潜在风险。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作细节。