针对您提出的问题，即“原告起诉后担保人主动还款，借款人后知道超过了诉讼时效怎么办”，以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确一个核心点：借条担保人在代借款人偿还债务后，确实有权在其承担保证责任的范围内向借款人追偿。这一权利是受到法律保护的，并且该追偿权的诉讼时效期间为三年，这一规定来源于《中华人民共和国民法典》第一百八十八条。

关于诉讼时效的起算点：

• 担保人在承担保证责任、代为偿还借款后，即取得了债权人的地位，有权向借款人进行追偿。
• 诉讼时效是从担保人实际履行担保责任、代为偿还借款之日起开始计算的。例如，如果担保人在2024年3月1日替借款人偿还了债务，那么诉讼时效就从该日起算，至2027年2月28日届满。

关于诉讼时效的中止与中断：

• 中止：在诉讼时效期间的最后六个月内，如果因为不可抗力、无民事行为能力人或限制民事行为能力人无法定代理人等法定障碍，导致担保人不能行使追偿权的，诉讼时效会中止。自中止时效的原因消除之日起满六个月，诉讼时效期间届满。
• 中断：如果担保人在此期间内向借款人提出履行请求、借款人同意履行义务、担保人提起诉讼或申请仲裁等情形，诉讼时效将中断。从中断时起，诉讼时效期间会重新计算。例如，若担保人在2025年1月1日向借款人书面要求其偿还已支付的款项，那么诉讼时效就从该日起重新计算三年。

针对您问题的具体解答：

• 如果担保人已经主动还款，但借款人后来才知道这一行为已经超过了诉讼时效，那么借款人需要明确的是，诉讼时效的超过并不意味着担保人失去了追偿权，而是意味着如果担保人选择通过法律途径追偿，借款人可以提出诉讼时效抗辩。
• 然而，从实际操作的角度来看，即使诉讼时效已经超过，借款人仍然可以考虑与担保人进行协商，看是否能够达成某种和解或还款安排。毕竟，诉讼时效的抗辩只是法律上的一个手段，而实际问题的解决往往需要双方的沟通和妥协。
• 另外，借款人也需要认识到，如果担保人确实在诉讼时效期间内提出了追偿请求，或者通过其他方式中断了诉讼时效，那么借款人的诉讼时效抗辩可能就不会成立。

建议：

• 鉴于具体的诉讼时效可能会因地区、具体案件情况或相关法律规定的变化而有所不同，我建议您在处理此类问题时及时咨询专业律师，以确保自己的权益得到有效保护。
• 同时，无论是担保人还是借款人，都应该积极主张自己的权利，避免因为超过诉讼时效或忽视法律程序而丧失应有的权益。

希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的法律咨询，请随时告诉我。