结论前置：合同中注明“付清货款及税款”，通常表明合同金额是含税价，但具体还需结合合同整体条款及交易习惯等综合判断。以下从不同角度进行详细分析：

1. 合同条款的明确性：

   • 若合同中明确写明“合同价款为含税价，包括货款及相应税款”，则此条款直接表明合同金额是含税的，卖方无需在货款之外再收取税款。
   • 若合同中仅注明“付清货款及税款”，而未明确价款是否含税，则需要进一步分析合同其他条款或交易习惯。在此情况下，若合同其他部分或双方交易习惯中默认价款为含税价，则可推断合同金额是含税的。

2. 税法规定与交易习惯：

   • 根据税法规定，增值税等流转税通常作为价外税处理，但在实际交易中，若合同未明确约定，则可能根据交易习惯来判断。多数合同在实际交易中默认价款为含税价，因为交易各方更关注支付、收取的总价款。
   • 若特定行业或交易场景中存在不同的交易习惯，例如某些行业可能默认价款为不含税价，则需结合该行业习惯来判断合同金额是否含税。

3. 合同解释的原则：

   • 在合同条款存在歧义或不明确时，应遵循合同解释的原则，如诚实信用原则、公平原则等，来推断合同的真实意图。
   • 若合同中的“付清货款及税款”条款存在多种解释可能，且无法通过合同其他条款或交易习惯明确时，则可能需要根据双方交易过程中的实际履行情况、沟通记录等证据来综合判断。

4. 实际操作建议：

   • 为避免后续纠纷，双方在签订合同时应明确约定价款是否含税，以及税款的计算方式、承担方等相关条款。建议将税务条款具体化，包括税率、税款支付方式等细节。
   • 若对合同价款是否含税存在疑问或争议，应及时向我咨询，以获取准确的法律意见和税务指导。
   • 确保合同约定的税务条款符合相关法律法规要求，避免因税务问题导致的法律风险和经济损失。

举例说明：假设甲乙双方签订了一份货物买卖合同，合同中注明“买方需付清货款及税款”，但未明确价款是否含税。若双方在此前的交易中或该行业中默认价款为含税价，且合同其他条款也未对此进行相反约定，则可推断该合同金额是含税的。反之，若双方交易习惯或行业习惯中默认价款为不含税价，且合同中有其他条款支持此解释，则可能认为合同金额是不含税的。

综上所述，合同中注明“付清货款及税款”时，合同金额是否含税需结合合同整体条款、交易习惯及合同解释原则等综合判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。