职务侵占罪中侵占的财产升值部分，仍会被计入犯罪数额，行为人需对升值部分承担刑事责任。以下从法律原理、司法实践和实务建议三个角度展开说明：

一、法律原理：升值部分属于犯罪所得的孳息，应纳入犯罪数额

根据《刑法》第271条，职务侵占罪的犯罪对象是“本单位财物”，包括动产、不动产、货币、有价证券等，也包括财产性利益（如股权、债权）。财产升值部分属于犯罪所得的“孳息”（如利息、租金、增值收益等），根据《最高人民法院关于审理贪污、职务侵占案件如何认定共同犯罪几个问题的解释》等司法解释，孳息应计入犯罪数额。

举例：若行为人侵占公司价值100万元的房产，后该房产升值至200万元，则犯罪数额应认定为200万元（原值+升值部分），而非仅100万元。

二、司法实践：升值部分通常会被追缴，但可能影响量刑情节

1. 追缴与退赔：根据《刑法》第64条，犯罪分子违法所得的一切财物及其孳息，应当予以追缴或责令退赔。即使财产已升值，行为人仍需退赔升值部分（如房产需按当前市场价返还或折价赔偿）。
2. 量刑影响：升值部分可能影响量刑幅度。若行为人主动退赔升值部分，可能被认定为“认罪态度好”“积极退赃”，从而获得从轻处罚；反之，若拒不退赔，可能被认定为“拒不认罪”“情节恶劣”，加重处罚。

举例：若行为人侵占公司资金100万元用于投资，获利50万元，司法机关会要求退赔150万元（本金+收益），并在量刑时考虑其退赔情况。

三、实务建议：行为人应积极配合退赔，争取从宽处理

1. 主动退赔升值部分：若财产已升值，行为人应尽快联系司法机关，主动退赔全部款项（包括升值部分），以减少损失并争取从轻处罚。
2. 保留证据证明升值情况：若行为人认为升值部分不应全部归责于自己（如市场波动导致），可提供证据（如评估报告、市场数据等）说明合理增值部分，但司法实践中通常以实际价值为准。
3. 咨询专业律师：职务侵占罪涉及刑事与民事交叉问题，建议行为人或家属在案件早期咨询律师，制定退赔方案和辩护策略，避免因处理不当导致更严重后果。

总结：职务侵占罪中，财产升值部分会被计入犯罪数额并追缴，行为人需承担全部责任。但通过积极退赔、配合调查，仍可能获得从宽处理。如有具体案件，可进一步向我咨询细节。