结论：自2020年7月3日后取得工程规划许可证但未按照证件和图纸建设的商业住宅，一般是不合法的。

分析如下：

1. 规划许可的效力：

   • 工程规划许可证是建设单位进行工程建设的法定凭证，它明确了建设项目的位置、规模、使用性质等关键要素。
   • 获得工程规划许可证意味着建设单位已经获得了按照许可证规定进行建设的合法权利。

2. 未按照证件和图纸建设的法律后果：

   • 如果建设单位未按照工程规划许可证和图纸进行建设，这通常被视为违反了城乡规划法等相关法律法规的规定。
   • 违反规划许可进行建设，可能会面临责令停止建设、限期改正、罚款、没收违法所得等行政处罚。
   • 在严重情况下，如果违法建设对城乡规划、公共安全等造成重大影响，还可能面临更严厉的法律制裁，包括拆除违法建筑等。

3. 商业住宅的特殊性：

   • 商业住宅作为供人们居住和进行商业活动的场所，其建设必须严格遵守相关法律法规和规划要求。
   • 商业住宅的建设质量、安全性能等直接关系到居住者和使用者的生命财产安全，因此，对商业住宅的建设监管更为严格。

4. 合法性的判断标准：

   • 合法性的判断主要依据是否按照工程规划许可证和图纸进行建设。
   • 如果建设单位在建设过程中进行了变更，但未依法办理变更手续或获得新的规划许可，那么这种变更也是不合法的。

建议：

• 对于建设单位而言，应严格遵守工程规划许可证和图纸的要求进行建设，确保建设项目的合法性和合规性。
• 如果确实需要对建设项目进行变更，应依法办理变更手续或获得新的规划许可，以避免法律风险和行政处罚。
• 如果您作为相关方（如业主、购房者等）发现建设单位存在未按照证件和图纸建设的情况，可以向当地城乡规划主管部门或相关执法机构举报，以维护自己的合法权益。

后续行动：

• 如果您需要更具体的法律建议或帮助，比如如何举报违法建设、如何维护自己的权益等，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律指导。