当第三人损害公司利益时，股东的起诉方式主要取决于具体情况和适用的法律程序。以下是一个清晰、详细且有深度的解答：
一、股东代表诉讼（间接诉讼）
在大多数情况下，股东不能直接对侵害公司利益的第三人提起诉讼，但可以通过股东代表诉讼来维护公司利益。股东代表诉讼是一种间接诉讼方式，其核心在于股东代表公司行使诉权。
股东资格要求：
- 对于有限责任公司，任何股东均有资格提起代表诉讼。
- 对于股份有限公司，则要求股东连续一百八十日以上单独或合计持有公司百分之一以上股份。
前置程序：
- 股东在提起代表诉讼前，需先书面请求监事会（或监事）针对侵害行为提起诉讼。若侵害行为由董事、高级管理人员实施，则需书面请求董事会（或执行董事）提起诉讼。
- 仅当监事会（或监事）、董事会（或执行董事）拒绝提起诉讼，或者怠于行动，或者情况紧急且延迟将造成难以弥补的损害时，股东方可自行提起诉讼。
损害事实与因果关系：
- 股东必须证明第三人的行为已对公司造成实际损害，或存在明确的损害风险，并且这种损害与第三人的行为之间存在直接的因果关系。
诉讼程序：
- 股东需提交起诉书及副本，明确诉讼请求和理由。
- 提供充分证据材料支持诉讼主张，如合同、交易记录、证人证言等。
- 按规定缴纳诉讼费用。
- 等待法院立案并参与审理过程，包括出庭、举证、质证等。
二、股东直接诉讼（特殊情形）
在特殊情况下，如果第三人的侵权行为同时直接损害了股东的个人利益，股东可以基于个人权益受损而直接提起诉讼。这与股东代表诉讼的目的和性质有本质区别，后者主要是为了维护公司的整体利益。
三、诉讼结果与注意事项
诉讼结果归属：
- 在股东代表诉讼中，胜诉利益归属于公司，败诉后果也由公司承担。这是因为股东代表诉讼的目的是维护公司利益，而非股东个人利益。
诉讼时效：
- 股东应关注诉讼时效问题，及时行使权利。根据相关法律规定，股东应在知道或应当知道权利被侵害之日起一定期限内提起诉讼，否则将丧失胜诉权。
诉前保全：
- 在紧急情况下，为防止公司利益受到进一步损害，股东可申请诉前保全措施，如查封、扣押、冻结第三人的财产等。
四、建议与总结
- 在面对第三人损害公司利益的情况时，股东应首先尝试通过公司内部治理结构来解决问题，如向监事会或董事会提出书面请求。
- 如果内部治理结构无法解决问题，或者情况紧急且延迟将造成难以弥补的损害，股东可以考虑提起股东代表诉讼或直接诉讼。
- 在提起诉讼前，股东应充分收集证据材料，明确诉讼请求和理由，并咨询专业律师的意见以确保诉讼的合法性和有效性。
综上所述，股东在维护公司利益方面需遵循一定的程序和条件。在大多数情况下，应通过公司内部治理结构来解决问题；但在特定条件下，股东有权通过代表诉讼或直接诉讼来维护公司或个人的合法权益。