当遇到股东侵占公司利益的情况时，您可以按照以下步骤来起诉以维护公司的合法权益：

一、收集证据

首先，您需要全面收集能够证明股东侵占公司利益的证据。这些证据可能包括但不限于：

• 财务报表：显示公司资金或资产的异常流动。
• 交易合同：如果股东通过不正当交易侵占公司利益，相关合同将是重要证据。
• 邮件、短信或聊天记录：可能包含股东承认侵占行为或讨论相关事宜的记录。
• 会议记录：特别是涉及公司财务或资产处置的会议记录。
• 银行转账记录：显示资金的不正常流向。

确保您收集的证据真实、合法，并且与案件紧密相关。

二、确定诉讼请求

在收集到足够证据后，您需要明确具体的诉讼请求。这可能包括：

• 返还财产：要求股东返还其侵占的公司财产。
• 赔偿损失：如果股东的侵占行为给公司造成了经济损失，您可以要求其赔偿。
• 其他救济：根据具体情况，您可能还可以要求股东承担其他法律责任，如支付违约金、利息等。

三、书面请求与前置程序

在提起诉讼前，根据《公司法》的相关规定，您可能需要先履行一些前置程序：

• 书面请求监事会或监事：股东可先书面请求监事会或不设监事会的有限责任公司的监事向人民法院提起诉讼。
• 书面请求董事会或执行董事：若监事存在侵害公司利益的情形，股东可书面请求董事会或不设董事会的有限责任公司的执行董事向人民法院提起诉讼。

四、提起诉讼

如果监事会、监事、董事会或执行董事在收到您的书面请求后拒绝提起诉讼，或者未在规定期限内提起诉讼，或者情况紧急、不立即提起诉讼将会使公司利益受到难以弥补的损害，您有权为了公司的利益以自己的名义直接向人民法院提起诉讼。

在提起诉讼时，您需要准备以下材料：

• 起诉状：写明原被告的基本信息、诉讼请求、事实与理由等。
• 证据材料：包括您之前收集的所有相关证据。

五、诉讼过程中的注意事项

• 财产保全：在诉讼过程中，您可以考虑申请财产保全措施，以防止被告转移财产。
• 诉讼时效：注意诉讼时效的问题，通常民事案件的诉讼时效是三年，但具体可能因侵占行为的不同而有所差异。
• 法律依据：确保您的诉讼请求有充分的法律依据，这有助于提高诉讼的成功率。

六、后续处理

如果法院判决支持您的诉讼请求，股东需要按照判决履行义务。如果股东不履行判决，您可以申请法院强制执行。

总之，起诉股东侵占公司利益是一个复杂而严谨的过程，需要您充分准备证据、明确诉讼请求，并遵循法定程序。如果您对此过程不熟悉，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议。