针对您提出的“修理厂换发动机改码是否违法以及如何处理”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

一、修理厂换发动机改码是否违法

根据《中华人民共和国道路交通安全法》第十六条的规定，任何单位或者个人不得改变机动车型号、发动机号、车架号或者车辆识别代号。这意味着，如果修理厂在更换发动机后，未经车辆管理部门同意并办理相关变更登记手续，就擅自更改发动机号码，那么这种行为是违法的。

同时，《机动车修理业、报废机动车回收业治安管理办法》也明确规定，对更改发动机号码、车架号码的机动车修理企业和个体工商户，将处以5000元以上三万元以下罚款；对直接负责的主管人员和其他直接责任人员处警告或2000元以下罚款，构成犯罪的依法追究刑事责任。

二、如何处理修理厂换发动机改码的问题

1. 立即停止违法行为： 如果修理厂已经进行了发动机更换并更改了发动机号码，应立即停止这种违法行为，并尽快恢复原状。

2. 向车辆管理部门报告： 修理厂或车主应主动向当地车辆管理部门报告此事，说明情况，并咨询如何合法办理发动机更换的变更登记手续。

3. 配合调查与处理： 如果公安机关已经介入调查，修理厂和车主应积极配合，提供必要的证据和信息，以便公安机关能够准确查明事实，依法作出处理。

4. 承担法律责任： 如果修理厂或车主的行为已经构成违法，那么应依法承担相应的法律责任，包括罚款、警告等行政处罚，甚至可能面临刑事责任。

5. 合法办理变更登记： 如果发动机更换是必要的，并且符合相关规定，那么修理厂或车主应在更换发动机后十日内向车辆管理所申请变更登记，提交身份证、机动车登记证书、行驶证、新发动机的合格证、发票等相关材料。

三、建议与提醒

• 选择正规修理厂：在进行发动机更换等维修作业时，应选择具有合法资质和良好信誉的正规修理厂，以确保维修质量和合法性。
• 了解相关法律法规：车主和修理厂都应了解并遵守相关的法律法规，避免因无知而违法。
• 及时沟通与处理：如果发现修理厂存在违法行为或自己的权益受到侵害，应及时与修理厂沟通或向相关部门报告，以便及时处理问题。

希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。