结论前置：公司在被仲裁的时候理论上可以申请注销，但必须依法进行清算并妥善处理所有未了结的债务和法律责任，包括仲裁中的争议。注销并不能作为逃避仲裁责任或裁决结果的手段，否则可能面临更严重的法律后果。

一、公司注销的法律条件与程序

根据《公司法》及相关法律法规，公司注销需要满足一系列法律条件并履行相应的程序，包括但不限于：

1. 成立清算组：公司决定注销时，必须成立清算组，负责清理公司财产、编制资产负债表和财产清单。
2. 通知与公告债权人：清算组需通知、公告债权人，确保债权人有足够的时间申报债权。
3. 制定清算方案：清算组需制定清算方案，并经股东会、股东大会或者人民法院确认。
4. 清偿债务：按照法定顺序清偿公司债务，确保所有债务得到妥善处理。

完成上述程序后，公司方可申请注销其法人资格。

二、公司注销对仲裁程序的影响

1. 仲裁程序的独立性：公司的注销程序和仲裁程序是两个相互独立的法律程序。注销是公司按照法定程序终止其法人资格的行为，而仲裁是解决争议的一种机制。尽管两者独立，但公司在注销前必须妥善处理仲裁中的争议。
2. 仲裁主体的变化：若公司在仲裁过程中或裁决作出前已完成全部清算并正式注销，仲裁庭可能会决定终止仲裁程序，因为此时已无明确的被申请人。然而，如果公司注销前未妥善处理仲裁事项，导致仲裁程序无法正常进行，相关方可能会因此受到损失。
3. 清算责任主体的确定：如果公司未经依法清算即办理注销登记，有限责任公司的股东、股份有限公司的董事和控股股东，以及公司的实际控制人应当对公司债务承担清偿责任。在仲裁程序中，如果公司注销导致无法执行裁决，相关权利人可以申请将这些清算责任主体列为共同被申请人或变更为被申请人，要求其在公司清算财产范围内对原公司的债务承担责任。

三、公司注销时应对仲裁的策略

1. 优先处理仲裁事项：为避免法律风险和纠纷，公司最好在仲裁案件处理完毕后再进行注销。如果确实需要在仲裁期间注销，应当及时通知仲裁机构和对方当事人，并按照法律规定进行公告，确保各方知悉并有机会提出异议。
2. 合规清算：注销公司时，必须严格按照《公司法》等法律法规的要求进行操作，包括通知债权人、进行公告、成立清算组等步骤。清算组需特别关注尚未了结的仲裁案件，确保这些案件得到妥善处理。
3. 寻求法律帮助：在处理公司注销与仲裁事项时，建议咨询专业律师以确保所有法律程序的合规性。律师可以提供具体的法律建议和操作指导，帮助公司避免法律风险和经济损失。

四、恶意注销的法律后果

如果公司试图通过注销来逃避仲裁责任或裁决结果，这将被视为恶意行为。在这种情况下，公司不仅无法免除其法律责任，还可能面临更严重的法律后果，如被追究刑事责任、被列入失信被执行人名单等。同时，相关权利人仍然可以向法院申请强制执行该裁决，法院有权采取多种措施来执行裁决，包括但不限于查封、扣押、拍卖公司财产或追索公司股东、实际控制人的个人财产以清偿债务。

总结与建议：公司在被仲裁的时候虽然可以申请注销，但必须严格遵守相关法律法规，依法进行清算并妥善处理所有未了结的债务和法律责任。公司应积极面对仲裁程序，妥善处理争议，以避免可能的法律风险和经济损失。如果公司决定注销，建议在注销前咨询我以确保所有法律程序的合规性。