结论：三年未办理营业执照的洗车店现在补办，仍可能面临处罚，但具体处罚情况需结合当地市场监管部门的执法实践和具体情节来判断。以下从多个角度进行分析：
一、法律责任分析
无照经营的法律责任：
- 根据《无证无照经营查处办法》的相关规定，经营者未依法取得营业执照从事经营活动的，由市场监管部门依照相关法律、行政法规的规定予以处罚。这意味着，无照经营本身即构成违法行为，市场监管部门有权依法进行处罚。
处罚的时效性：
- 行政处罚的时效性通常遵循《中华人民共和国行政处罚法》的规定，即违法行为在二年内未被发现的，不再给予行政处罚（涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的，上述期限延长至五年）。然而，对于持续性的违法行为（如长期无照经营），时效性可能从违法行为终了之日起计算。因此，即使洗车店已经经营了三年，但如果市场监管部门能够证明该违法行为持续存在，仍可能对其进行处罚。
二、补办营业执照与处罚的关系
补办行为本身：
- 补办营业执照是经营者纠正违法行为、合法化经营的重要步骤。然而，补办行为本身并不免除之前无照经营的法律责任。市场监管部门在补办营业执照的同时，仍可能对之前的无照经营行为进行处罚。
处罚的减轻或免除：
- 在某些情况下，如果经营者能够积极配合市场监管部门的调查，主动纠正违法行为（如及时补办营业执照），并表现出良好的悔过态度，市场监管部门可能会根据具体情况考虑减轻或免除处罚。但这并非法定权利，而是市场监管部门的自由裁量权范围。
三、具体处罚措施与建议
可能的处罚措施：
- 市场监管部门可能根据无照经营的情节轻重，对洗车店处以罚款、没收违法所得、责令停止经营活动等处罚。具体处罚措施需根据当地市场监管部门的执法实践和具体情节来判断。
建议：
- 及时补办营业执照：尽快向当地市场监管部门申请补办营业执照，以合法化经营。
- 积极配合调查：在补办过程中，积极配合市场监管部门的调查，如实提供相关信息和资料。
- 寻求法律帮助：如果对处罚决定有异议或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我将根据具体情况提供专业的法律意见。
四、后续行动与注意事项
关注处罚决定：
- 在补办营业执照后，密切关注市场监管部门是否对之前的无照经营行为进行处罚。如果收到处罚决定书，应认真阅读并了解处罚内容、理由和依据。
法律救济途径：
- 如果对处罚决定不服，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼。在复议或诉讼期间，行政处罚决定不停止执行，但复议机关或法院认为需要停止执行的除外。
合规经营：
- 在未来的经营过程中，务必遵守相关法律法规和规章制度，确保合法合规经营。避免再次出现无照经营等违法行为。