赃款已退，检察院仍有可能起诉，但退赃行为会在量刑时作为从轻、减轻处罚的情节予以考虑。以下是对这一问题的详细分析：
一、退赃行为的意义
退赃是犯罪嫌疑人或被告人对违法所得主动退还的行为，这反映了其较好的认罪悔罪态度。在刑事诉讼中，退赃具有积极意义，不仅有助于弥补被害人损失，还能减少社会危害性。同时，退赃也是法律上从轻处罚的情节之一，根据《最高人民法院关于常见犯罪的量刑指导意见》，对于退赃、退赔的，综合考虑犯罪性质、退赃退赔行为对损害结果的弥补程度以及主动程度等情况，可以减少基准刑的30%以下。
二、检察院起诉的决定因素
检察院在决定是否提起公诉时，主要依据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，并综合考虑以下因素：
犯罪事实和证据：如果犯罪嫌疑人的犯罪事实已经查清，证据确实、充分，依法应当追究刑事责任的，检察院应当作出起诉决定。即使犯罪嫌疑人已经退赃，只要符合起诉条件，检察院通常会提起公诉。
犯罪情节和悔罪表现：退赃作为悔罪表现之一，虽然可以在量刑时酌情考虑从轻、减轻处罚，但并不构成避免起诉的充分条件。检察院会综合考虑犯罪情节、悔罪表现以及社会危害程度等因素，作出是否起诉的决定。
宽严相济的刑事政策：在某些情况下，如犯罪数额不大、危害后果较小，且犯罪嫌疑人在案发后积极主动退赃退赔并取得被害人谅解的，检察院可能会基于宽严相济的刑事政策，作出不起诉决定。但这并不意味着退赃就能确保不起诉，而是需要综合全案情况来判断。
三、退赃与起诉的具体关系
法定不起诉的情况：根据《刑事诉讼法》第十六条的规定，若犯罪嫌疑人存在情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；犯罪已过追诉时效期限的；经特赦令免除刑罚的；依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的；犯罪嫌疑人、被告人死亡的等情形之一，即便退赃款，检察院也应当作出不起诉决定。
酌定不起诉（相对不起诉）的情况：对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的案件，检察院可以作出不起诉决定。在此情形下，退赃款是一个重要的考量因素。若犯罪嫌疑人积极主动退赃，表明其有较好的悔罪表现，结合其他如犯罪手段温和、犯罪金额较小、危害后果不严重等因素，检察院有可能基于自由裁量权作出酌定不起诉的决定。
证据不足不起诉的情况：在案件侦查过程中，若公安机关移送审查起诉的案件经过检察院审查后认为证据不足，不符合起诉条件，需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查或自行侦查。补充侦查以二次为限，若经过二次补充侦查后，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。此时，退赃款与是否不起诉并无直接关联，关键在于证据是否达到起诉标准。
四、建议与应对策略
积极配合调查：如果收到检察院的退赃通知，建议积极配合调查，主动退赃，以展现悔罪态度。
咨询专业律师：在处理此类问题时，由于涉及复杂的法律程序和规定，建议咨询专业律师（即我本人）以获取更准确的法律建议和帮助。我可以根据具体案情，为你提供详细的法律分析和应对策略。
关注案件进展：在案件处理过程中，应密切关注案件进展，及时了解检察院的决定和法院的判决结果。如有需要，可以及时向律师（我）咨询并寻求帮助。
综上所述，赃款已退并不意味着检察院一定不会起诉。在处理此类问题时，应全面分析案情和法律规定，不能简单地认为退赃款就一定会导致不起诉的结果。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。