在处理“文件中明确不予公开的内容信息公开”这一问题时，我们首先要明确的是，这并非一个简单或直接的过程，而是需要严格遵循法律法规，并考虑多种因素的综合决策。以下是对这一问题的详细解答：
一、不予公开文件的范围及法律依据
根据《中华人民共和国政府信息公开条例》等相关法律法规，有些文件是依法不予公开的，这些主要包括：
- 国家秘密：涉及国家安全和利益，如军事战略、国家情报等，这些必须严格保密。
- 商业秘密：具有商业价值且不为公众所知悉的信息，如技术秘密、经营策略等，权利人已采取保密措施。
- 个人隐私：公民个人不愿公开的私人信息，如身份证号、健康状况等。
- 内部事务信息：行政机关的内部管理信息，如人事安排、工作流程等。
- 过程性信息：行政机关在决策或执法过程中形成的中间性、过程性信息，如讨论记录、请示报告等。
二、不予公开的告知与说明理由
当有人申请公开这些不予公开的文件时，行政机关应当：
- 书面告知：通过正式文件，如《政府信息公开申请答复书》，明确告知申请人文件不予公开。
- 说明理由：清晰、准确地引用相关法律法规条款，解释为何该文件不能公开。如果涉及第三方权益，还需说明已征求第三方意见的情况。
三、特殊情况的处理
- 区分处理：如果文件部分内容可公开，部分不可公开，行政机关应进行区分处理，只提供可公开部分，并对不可公开部分说明理由。
- 救济途径：如果申请人对不予公开的决定不服，他们有权依法申请行政复议或提起行政诉讼，通过司法途径来审查决定的合法性。
四、文件由不予公开转为公开的处理步骤
在某些特殊情况下，原本不予公开的文件可能因法律变更、政策调整或公共利益需要而需要公开。这时，应遵循以下步骤：
- 重新评估：全面评估文件的性质、内容、涉及方以及公开可能带来的后果，确保公开的必要性和合规性。
- 法律咨询：咨询专业法律顾问或律师，了解公开可能涉及的法律风险和合规性问题。
- 征得同意：如果文件涉及个人隐私、商业秘密等受保护信息，必须征得相关方的书面同意。
- 采取措施：在公开前，采取脱敏处理、限制访问范围和时间等措施，以保护敏感信息和隐私。
- 记录报告：详细记录公开的过程和结果，并向相关部门或领导报告，确保透明度和可追溯性。
总结与建议
“文件不予公开的公开处理”是一个复杂且敏感的过程，必须严格遵守法律法规，确保公开的必要性和合规性，同时保护相关方的合法权益。在实际操作中，建议行政机关寻求专业法律帮助，以确保正确处理这类问题。如果申请人对处理结果有疑问或不满，他们也有权通过法律途径来维护自己的权益。