结论：在两次开庭后原告撤诉，即便被告明确要求不能撤诉，但法院判定合法撤诉的情况下，这通常是基于原告的法定撤诉权利以及法院对撤诉申请的审查结果。被告若对此有异议，可以通过合法途径表达，但最终撤诉是否被允许，仍由法院根据法律规定和案件具体情况决定。以下是对此问题的详细分析：
一、原告的撤诉权利
法定权利：撤诉是原告在诉讼过程中的一项法定权利。根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，原告有权在宣判前申请撤诉。这是原告对其诉讼权利的一种处分方式，体现了诉讼的自愿原则。
自主决策：原告是否选择撤诉，应基于其个人意愿和案件的具体情况自主做出决定。被告不能直接要求或强迫原告撤诉，因为这侵犯了原告的诉讼权利。
二、法院对撤诉申请的审查
合法性审查：法院在收到原告的撤诉申请后，会对其进行合法性审查。这包括审查撤诉申请是否由原告本人提出、是否出于自愿、是否违反法律规定或损害国家、集体或他人的利益等。
决定权在法院：即便被告明确要求不能撤诉，但法院在审查撤诉申请时，主要关注的是撤诉的合法性和合理性，而不是被告的意愿。如果法院认为撤诉申请符合法律规定，且不会损害国家、集体或他人的利益，那么法院通常会批准撤诉。
三、被告的应对策略
了解撤诉原因：被告可以主动与原告沟通，了解其撤诉的真实原因和意图。这有助于被告更好地评估撤诉对其自身利益的影响，并决定是否需要采取进一步的法律行动。
表达异议：如果被告认为撤诉申请不符合法律规定或损害了其合法权益，可以在法院审查撤诉申请时提出异议。被告可以提交书面意见或参加庭审，向法院阐述其反对撤诉的理由和依据。
尊重法院决定：无论被告对撤诉申请有何异议，最终撤诉是否被允许仍由法院决定。被告应尊重法院的决定，并遵守法律程序。如果被告对法院的决定不服，可以通过上诉等法律途径寻求救济。
四、可能的法律后果
撤诉后的法律状态：一旦法院批准撤诉，案件将终结，原告将失去通过该诉讼程序维护其权益的机会。被告则无需再承担因该诉讼而产生的法律责任和义务。
重新起诉的限制：根据法律规定，原告撤诉后，通常可以在一定期限内重新起诉。但重新起诉时，原告需要重新提交起诉状和相关证据，并承担相应的诉讼费用。此外，如果撤诉是因为原告与被告达成了和解协议，那么原告在重新起诉时可能会受到和解协议的限制。
五、建议与总结
保持冷静与理性：面对原告撤诉的情况，被告应保持冷静和理性，不要采取过激或违法的行为来阻止撤诉。
积极沟通与协商：被告可以尝试与原告进行沟通和协商，寻求双方都能接受的解决方案。这有助于减少诉讼成本和时间，并维护双方的关系。
尊重法律程序：无论结果如何，被告都应尊重法律程序和法院的决定。如果被告对法院的决定不服，可以通过合法的法律途径寻求救济。
作为郑学滨律师，我建议你在面对此类情况时，务必保持冷静，了解撤诉的合法性和合理性，并通过合法途径表达你的异议和诉求。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。