楼顶违建的管理涉及多个部门，主要包括城乡规划主管部门、城市管理综合行政执法部门、物业管理部门以及自然资源部门，各部门根据其法定职责进行相应管理和处理。以下是对各部门职责及处理方式的详细分析：

1. 城乡规划主管部门

   • 法律依据：根据《中华人民共和国城乡规划法》，未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的，属于违法行为。
   • 主要职责：该部门负责认定楼顶建设行为是否符合城乡规划。对于违法建设，有权责令停止建设、限期改正，并可处以罚款；若无法改正，则要求限期拆除或者没收实物及违法收入，并可加处罚款。

2. 城市管理综合行政执法部门

   • 法律依据：依据《城市管理执法办法》，该部门具有行政处罚权，包括住房城乡建设领域法律法规规章规定的行政处罚权。
   • 主要职责：在多地，城市管理综合行政执法部门通过行政权力下放或综合执法改革，获得了规划领域部分行政处罚权。负责调查取证违建行为，并根据规定实施行政处罚，如强制拆除违建物。
   • 处理措施：对查实的违建行为，依法采取强制措施，包括但不限于拆除违建物，并可对业主进行行政处罚。

3. 物业管理部门

   • 法律依据：根据《物业管理条例》，物业对违反治安、环保、装饰装修等法规的行为有管理责任。
   • 主要职责：物业对小区公共区域有管理责任，需及时制止并报告违建行为。虽然物业没有直接的执法权，但应积极劝阻业主停止违建，并及时向相关行政管理部门报告。
   • 处理建议：物业可发布整改通知，要求业主限期拆除违建；若业主拒不配合，物业应上报行政管理部门，并配合后续处理。

4. 自然资源部门

   • 法律依据：根据《中华人民共和国土地管理法》等法律法规，自然资源部门对土地使用情况有监管权。
   • 主要职责：若楼顶违建涉及改变土地用途等土地违法问题，如擅自改变土地用途、非法占用土地等，自然资源部门有权进行查处。
   • 处理措施：针对土地违法行为，依法进行查处，包括制止、处罚并恢复土地原状。

实际操作建议：

• 若发现楼顶存在违建行为，居民应首先向物业管理部门反映，由物业进行初步制止并报告给相关部门。
• 同时，居民也可直接向城乡规划主管部门或城市管理综合行政执法部门进行举报，这些部门将依据法律法规对违建行为进行查处。
• 在处理过程中，各部门应加强协作，形成合力，确保违建行为得到有效治理。

综上所述，楼顶违建的管理是一个涉及多部门的综合性工作，各部门根据其法定职责共同维护小区的规划和安全。居民在遇到违建问题时，应积极向相关部门举报，以法律手段维护自身和小区的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。