公司通过微信转账发放工资并不直接违法，但可能不符合相关法规要求，存在潜在风险。以下从不同角度为你详细分析：

法律层面分析

1. 合法性基础：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。此处的“货币形式”并未明确排除电子支付手段，因此从法律条文本身来看，微信转账作为电子支付的一种，并不直接违反法律规定。
   • 同时，《人民币管理条例》虽规定人民币包括纸币和硬币，但随着科技发展，电子支付已成为普遍接受的支付方式，法律也未明确禁止电子支付作为工资支付手段。

2. 合规性要求：

   • 工资支付需通过正规渠道进行，确保可追溯性和安全性。微信转账虽然便捷，但缺乏银行流水等正式记录，这可能在劳动纠纷中影响证据的效力，使得劳动者在维权时面临举证困难。
   • 企业应遵守《工资支付暂行规定》，采用符合规定的支付方式（如银行代发），并保留完整支付记录至少两年备查。微信转账可能难以满足这一要求，从而构成合规性风险。

实际操作风险

1. 税务监管问题：

   • 微信转账难以直接关联企业账户，可能导致个人所得税申报与实际收入不符，引发税务风险。企业若未依法代扣代缴税款，将违反《税收征收管理法》，可能面临追缴税款和罚款的处罚。

2. 劳动关系认定争议：

   • 非正规支付方式可能模糊雇佣关系边界，例如在劳务外包或临时工场景中，影响工伤赔偿、社保缴纳等权益归属。这可能导致劳动者在需要维权时面临更多困难。

3. 资金安全风险：

   • 个人微信账户无企业账户的资金托管功能，可能出现款项被挪用、延迟到账等问题。此外，电子支付平台的技术故障或网络攻击也可能造成工资发放中断，给劳动者带来经济损失。

4. 举证困难隐患：

   • 在劳动仲裁或诉讼中，微信转账记录易被质疑真实性，而银行流水具有更强的法律效力。若劳动者无法提供充分证据证明工资支付情况，可能面临败诉风险。

建议措施

1. 优先采用银行代发：

   • 通过企业对公账户直接转账至员工银行卡，既符合监管要求，又能自动生成可查询的流水记录，为劳动者提供更有力的维权证据。

2. 补充书面协议：

   • 若确需使用微信转账支付工资，企业应与员工签订书面协议，明确支付方式、支付时间、支付金额等关键条款，以及双方的权利义务。这有助于降低法律风险，保障双方权益。

3. 强化财务管理：

   • 企业应建立完整的工资支付台账，保存微信转账凭证、聊天记录等证据材料，并定期与员工核对账目。这有助于确保工资支付的准确性和合规性，避免潜在纠纷。

综上所述，虽然微信转账支付工资并不直接违法，但存在诸多潜在风险。为了保障劳动者权益和企业合规经营，建议优先采用银行代发工资的方式。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。