在商业用地上发现古墓，通常不直接涉及“赔偿”问题，而是涉及文物保护、土地使用调整及相关权益协调，具体处理方式需根据实际情况分情况讨论。以下是详细分析：

1. 文物保护优先原则
   根据《中华人民共和国文物保护法》规定，地下文物属于国家所有。发现古墓后，土地开发活动需立即停止，并由当地文物行政部门组织考古发掘。此时的核心是保护文物，而非对土地使用权人进行赔偿。若因考古发掘导致土地开发延期或成本增加，土地使用权人可依据合同或法律主张权益，但需通过协商或法律程序解决，而非直接要求“赔偿”。

2. 土地使用权人的权益保障

   • 合同层面：若土地使用权人通过出让、转让等方式取得土地使用权，且合同中未明确约定文物发现后的处理方式，可依据《民法典》中“情势变更”原则，与出让方协商调整合同（如延长开发期限、减免土地出让金等）。
     
   • 行政补偿层面：若因文物保护导致土地使用权人遭受重大损失（如土地长期无法使用、前期投入无法收回），可依据《文物保护法》第21条，向当地政府申请行政补偿。补偿范围通常包括实际损失（如考古发掘期间的场地维护费用）和合理预期利益损失（如因延期开发导致的融资成本增加），但需提供充分证据支持。

3. 开发商与政府间的责任划分

   • 若土地出让前，政府未履行文物普查义务（如未在出让公告中披露土地可能存在文物），导致开发商在开发中发现古墓，开发商可主张政府违约，要求承担违约责任（如赔偿前期投入损失）。
     
   • 若政府已履行告知义务，开发商仍自愿取得土地使用权，则需自行承担文物发现后的风险，但可依据合同约定与政府协商后续处理方案（如调整规划、置换土地等）。

4. 实际操作建议

   • 立即停工并报告：发现古墓后，应第一时间停止施工，保护现场，并向当地文物行政部门报告。擅自继续开发可能面临行政处罚（如罚款、没收违法所得）甚至刑事责任（如故意损毁文物罪）。
     
   • 固定证据：保存土地出让合同、开发计划、投入凭证等材料，为后续主张权益提供依据。
     
   • 协商与诉讼并行：优先与政府、出让方协商解决方案（如调整开发期限、补偿损失）；若协商无果，可依法提起行政诉讼或民事诉讼，但需注意诉讼时效（通常为知道权益受损之日起3年内）。

总结：商业用地发现古墓后，赔偿并非直接适用，而是需通过文物保护程序、合同调整或行政补偿等途径解决。具体处理需结合土地出让合同、政府告知义务履行情况及实际损失等因素综合判断。如有进一步疑问，可直接向我咨询，我会结合具体案情提供详细方案。