公司存在仲裁案件时，仍然可以申请破产，关键在于公司是否满足法律规定的破产条件。以下从多个角度为你详细分析：

一、破产申请的法律依据与条件

根据《中华人民共和国企业破产法》第二条，企业法人若不能清偿到期债务，并且资产不足以清偿全部债务或者明显缺乏清偿能力，可以依法进行重整、和解或破产清算。这一规定明确了公司申请破产的法律依据主要基于其财务状况，特别是债务清偿能力，而非是否存在仲裁案件。因此，只要公司符合上述破产条件，即便面临仲裁，也有权向人民法院提出破产申请。

二、仲裁与破产申请的关系

1. 独立性：仲裁是针对公司与特定主体（如劳动者、供应商等）之间争议的法律程序，而破产申请则是针对公司整体财务状况的法律程序。两者在法律上相互独立，互不构成障碍。
2. 债务性质：仲裁所涉及的债务只是公司众多债务中的一部分。即便存在未了结的仲裁案件，只要公司整体财务状况符合破产条件，仍有权申请破产。
3. 申请目的：在公司陷入严重财务困境，无法维持正常经营，且继续存续可能使债务问题更加恶化时，为了公平清理债权债务，保护全体债权人的合法权益，公司可以向人民法院提出破产申请。

三、破产程序中的仲裁债权处理

1. 债权申报：在破产程序中，仲裁裁决确定的债权将作为破产债权，由债权人向破产管理人申报。管理人会对债权进行审查和确认，并按照破产财产的分配方案进行清偿。
2. 优先保护：对于劳动仲裁等涉及劳动者权益的债权，在破产程序中通常会受到优先保护。这是为了保障劳动者的基本生活需求和维护社会稳定。劳动者的劳动债权在破产财产清偿顺序中通常优先于普通债权受偿。

四、公司申请破产的程序与影响

1. 申请程序：公司作为债务人向法院提出破产申请时，需要提交破产申请书和有关证据。破产申请书应载明申请人、被申请人的基本情况，申请目的（如破产清算、重整或和解），以及申请的事实和理由等事项。法院受理破产申请后，会指定管理人负责公司的财产清理、管理、处分和分配等工作。
2. 影响分析：一旦公司进入破产程序，仲裁案件的处理可能会受到影响。具体来说，仲裁裁决确定的债权将作为破产债权在破产程序中参与分配。同时，公司的经营状况、信用记录以及未来发展等也会受到一定影响。但破产程序的启动也是为了公平解决公司的债务问题，保护全体债权人的合法权益。

五、特殊情况下的考虑

如果仲裁案件涉及的是公司的重要资产或核心业务，且仲裁结果可能对公司财务状况产生重大影响，那么公司在申请破产前应谨慎评估仲裁结果对其破产申请的影响。此外，如果公司存在恶意逃避债务、通过仲裁转移资产等违法行为，法院在受理破产申请时可能会进行严格审查，并可能驳回申请或采取其他法律措施。

总结与建议：

公司存在仲裁案件并不妨碍其申请破产。关键在于公司是否满足法律规定的破产条件，并按照法定程序进行申请。在破产程序中，仲裁债权将得到相应的处理和保障。如果你或你的公司正面临类似情况，建议及时咨询专业律师，以便更好地了解自身权益和义务，并制定合适的应对策略。