针对您提出的“车辆被电子眼拍到违反交通信号灯和占用应急车道行驶，车管所会如何处理车主”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

一、确认违章记录

首先，您需要确认车辆确实被电子眼拍摄到了违反交通信号灯和占用应急车道行驶的违章行为。这通常可以通过以下几种方式查询：

1. 短信通知：交警部门可能会通过短信方式通知您车辆存在违章行为。
2. 官方网站或APP查询：您可以登录当地公安交通管理部门的官方网站，或使用“交管12123”等官方APP，输入车辆信息查询违章记录。
3. 自助终端设备：部分地区的交警大队设有自助终端设备，您也可以前往查询。

在查询时，请仔细核对违章时间、地点、违章代码以及罚款金额等信息，确保信息的准确性。

二、准备处理材料

在处理违章时，您需要准备以下材料：

• 驾驶证：证明您有驾驶资格。
• 行驶证：证明车辆的所有权。
• 身份证：证明您的身份。

三、选择处理方式

您可以选择线上或线下两种方式处理违章：

线上处理

1. 通过“交管12123”APP：

   • 注册并登录APP。
   • 绑定需要处理违章的车辆。
   • 在“违法处理”选项下查看违章记录，并按照系统提示完成处理及罚款缴纳。

2. 使用第三方支付平台：

   • 在支付宝或微信等平台搜索并进入违章处理服务。
   • 输入车辆及违章信息，确认后完成缴费。

注意：线上处理通常适用于罚款金额在200元以下（含200元），且违章行为不涉及扣分或扣分在6分以下（含6分）的情况。但具体规定可能因地区而异，请以当地交通管理部门的规定为准。

线下处理

1. 前往交警大队或车管所：
   • 携带准备好的材料。
   • 向工作人员说明处理意图，核对违章记录详情。
   • 根据违章行为开具处罚决定书，并按指示缴纳罚款。

四、注意处理期限与避免逾期

无论您选择线上还是线下处理，都必须在规定的时间内（通常为收到处罚决定书之日起15日内）完成罚款缴纳。逾期未缴纳罚款将产生滞纳金，且可能影响车辆的年审。

五、扣分处理

如果您的违章行为涉及扣分，您需要先到交警队确认违章并扣除分数，然后再缴纳罚款。扣分情况将记录在您的驾驶证上，并可能影响您的驾驶资格和保险费用。

六、申诉与复议的权利

如果您对违章记录有异议，认为存在误判或特殊情况（如警车执行紧急任务、机动车被盗抢期间等），您有权向交通管理部门提出申诉或复议。申诉时需提供充分证据支持自己的观点，交通管理部门将对申诉进行审核并作出决定。

七、后续事项

处理完违章后，您应深刻反思并严格遵守交通规则，避免再次发生类似违章行为。同时，您可以保留缴纳罚款的凭证，以备后续查询或申诉之需。

综上所述，车管所（或交警部门）在处理车辆被电子眼拍摄到的违章行为时，会要求车主确认违章记录、准备处理材料、选择处理方式、注意处理期限与避免逾期、处理扣分情况、行使申诉与复议的权利，并关注后续事项。希望这些解答能够帮助您更好地理解和处理车辆违章问题。