结论：劳动关系裁决支付金额中如有需要扣缴个税的部分，通常是按照扣税后的金额打款给员工。但具体是否扣税以及扣税的金额，需根据款项性质、税法规定及实际情况综合判断。以下从多个角度进行详细分析：

一、税法规定与个税扣缴原则

根据《中华人民共和国个人所得税法》及相关规定，个人因劳动关系取得的各项所得，如工资、薪金、奖金、津贴、补贴等，均属于个人所得税的征税范围。因此，如果劳动关系裁决中确定的支付金额属于上述范畴，且达到纳税标准，那么这部分金额在支付给员工前，应当依法扣缴个人所得税。

法律依据：

• 《中华人民共和国个人所得税法》第二条：下列各项个人所得，应当缴纳个人所得税：……（一）工资、薪金所得；……（九）偶然所得。
• 《中华人民共和国个人所得税法实施条例》第六条：个人所得税法规定的各项个人所得的范围：……（一）工资、薪金所得，是指个人因任职或者受雇取得的工资、薪金、奖金、年终加薪、劳动分红、津贴、补贴以及与任职或者受雇有关的其他所得。……

二、劳动关系裁决支付金额的性质

劳动关系裁决中确定的支付金额可能包括多种性质，如工资、经济补偿金、赔偿金等。其中，工资和经济补偿金（在符合一定条件下）通常属于个人所得税的征税范围，而赔偿金（如因用人单位违法解除劳动合同而支付的赔偿金）则可能根据具体情况判断是否需要纳税。

1. 工资：明确属于个人所得税的征税范围，需依法扣缴个税。
2. 经济补偿金：根据《财政部、国家税务总局关于个人与用人单位解除劳动关系取得的一次性补偿收入征免个人所得税问题的通知》（财税〔2001〕157号）规定，个人因与用人单位解除劳动关系而取得的一次性补偿收入（包括用人单位发放的经济补偿金、生活补助费和其他补助费用），其收入在当地上年职工平均工资3倍数额以内的部分，免征个人所得税；超过的部分按照《国家税务总局关于个人因解除劳动合同取得经济补偿金征收个人所得税问题的通知》（国税发〔1999〕178号）的有关规定，计算征收个人所得税。
3. 赔偿金：如因用人单位违法解除劳动合同而支付的赔偿金，其性质可能更接近于惩罚性赔偿，是否需要纳税需根据具体税法规定和税务机关的解释判断。但通常情况下，如果赔偿金被视为个人所得的一部分，且达到纳税标准，也需要依法扣缴个税。

三、实际操作中的扣税流程

在实际操作中，用人单位或支付方在根据劳动关系裁决支付金额时，应当：

1. 确定款项性质：明确支付金额中哪些部分属于工资、经济补偿金或赔偿金等。
2. 计算应纳税额：根据税法规定和税务机关的解释，计算各部分款项的应纳税额。
3. 扣缴个税：在支付给员工前，依法扣缴个人所得税，并将扣缴的税款上缴至税务机关。
4. 支付净额：将扣税后的净额支付给员工。

四、特殊情况与注意事项

1. 税务筹划与合规：用人单位或支付方在进行税务筹划时，应确保合规性，避免偷逃税款等违法行为。
2. 税务争议解决：如员工对扣税金额或扣税方式有异议，可通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式解决税务争议。
3. 政策更新与关注：税法政策可能随时间更新变化，用人单位或支付方应及时关注并了解最新政策动态，确保扣税工作的准确性和合规性。

总结与建议：劳动关系裁决支付金额中如有需要扣缴个税的部分，通常是按照扣税后的金额打款给员工。但具体是否扣税以及扣税的金额需根据款项性质、税法规定及实际情况综合判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。