股份代持协议仅由双方签订，无其他方参与，在符合一定法律条件的情况下是有效的。以下是对这一问题的详细分析：
一、股份代持协议的有效性条件
主体合格：
- 双方当事人必须具有相应的民事行为能力，即能够理解协议内容、认识行为后果，并独立进行民事活动。自然人需达到法定成年年龄且精神正常，法人需具备合法经营资格和民事主体资格。这是确保协议有效性的基础。
意思表示真实：
- 协议双方签订股份代持协议必须基于真实意愿，不存在欺诈、胁迫或重大误解等情形。双方应经过充分沟通、协商，自愿达成股份代持的约定，以确保协议反映双方的真实意图。
内容合法合规：
- 股份代持协议的内容不得违反法律、行政法规的强制性规定，也不得损害国家利益、社会公共利益或他人合法权益。股份来源必须合法，代持目的不能是为了规避法律法规的禁止性规定，如逃避股东身份限制、逃税等。
形式符合要求：
- 尽管法律未强制要求股份代持协议必须书面化，但为避免日后纠纷时的举证困难，建议采用书面形式，并由双方签字或盖章确认。书面协议应详细记载双方的权利义务，包括代持股份的数量、期限、出资安排、股东权益的行使和分配等。
不违反《公司法》及相关解释：
- 根据《公司法解释（三）》的规定，只要实际出资人与名义出资人订立的合同没有违反法律强制性规定，且双方对合同效力无争议，人民法院应认定该合同有效。
二、股份代持协议可能无效的情形
违反法律强制性规定：
- 如国有企业改制中违反国有股权转让和代持的限制规定，或者股份代持行为违反了证券法等法律法规对上市公司的信息披露、股权结构等要求。
以合法形式掩盖非法目的：
- 如通过股份代持规避外商投资限制、投资限制领域，或者为逃避税收、债务等非法目的而签订股份代持协议。
损害国家、集体或他人利益：
- 如通过股份代持转移资产、逃避债务，损害债权人利益，或者损害其他股东、公司或社会公共利益。
三、法律风险与应对措施
股权被查封或用于偿债：
- 若名义股东出现债务纠纷或意外情况，其名下的股权可能被法院查封或用于偿还债务，给实际出资人带来损失。因此，双方应在协议中明确风险承担机制，并考虑设置质押、保险等保障措施。
名义股东不配合：
- 名义股东可能不按照实际出资人的指示行使股东权利或履行股东义务。为防范此风险，双方应在协议中明确违约责任和赔偿机制，并考虑设置监督机制，如定期报告、审计等。
协议被认定为无效：
- 若协议存在上述无效情形之一，可能被法院认定为无效。为避免此类风险，双方在签订协议前应充分了解相关法律法规，确保协议内容的合法性和合规性。同时，可以考虑在协议中设置争议解决条款，如仲裁或诉讼等，以便在协议无效时能够及时解决纠纷。
总结与建议：股份代持协议在符合法律要求的情况下是有效的，但双方当事人在签订协议时应当谨慎考虑并充分评估可能存在的法律风险。为确保协议的合法性和有效性，建议双方在签订协议前咨询专业律师，并确保协议内容详细、明确，符合相关法律法规的要求。如果你有具体的股份代持协议问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。