商事调解组织作为非营利法人，其登记备案部门主要依据其组织性质和设立目的来确定，具体如下：

1. 若商事调解组织属于社会团体性质：

   • 登记备案部门：应向民政部门（具体为各级人民政府的民政部门）申请登记备案。
   • 依据：根据《社会团体登记管理条例》的相关规定，社会团体是指中国公民自愿组成，为实现会员共同意愿，按照其章程开展活动的非营利性社会组织。商事调解组织若符合社会团体的定义和特征，即应按照该条例的规定进行登记备案。

2. 若商事调解组织属于民办非企业单位性质（如某些以提供调解服务为主要业务的民办机构）：

   • 登记备案部门：同样应向民政部门申请登记备案，但需按照民办非企业单位的相关规定进行。
   • 依据：民办非企业单位是指企业事业单位、社会团体和其他社会力量以及公民个人利用非国有资产举办的，从事非营利性社会服务活动的社会组织。商事调解组织若以非国有资产举办，且主要提供调解服务，则可能属于民办非企业单位的范畴。

3. 特殊情况：

   • 若商事调解组织由特定行业或领域的主管部门发起设立（如某些行业协会内部的调解组织）：
     • 登记备案或备案方式：可能需先获得行业主管部门的批准或备案，然后再根据具体情况决定是否需要向民政部门登记备案。
     • 依据：这主要取决于相关行业或领域的特殊规定以及调解组织的具体设立方式。

建议：

• 在申请登记备案前，建议商事调解组织的发起人或筹备组先明确组织的性质、目的和业务范围，以便选择合适的登记备案部门和程序。
• 同时，应仔细研究相关法律法规和政策文件，确保登记备案过程的合法性和合规性。
• 如有需要，可咨询当地民政部门或相关行业主管部门以获取更具体的指导和帮助。