在破产重整程序中，保证合同通常要交由管理人处理，这主要是基于以下几个方面的法律和实践考量：
管理人的法定职责：
- 根据《中华人民共和国企业破产法》的相关规定，管理人负责管理债务人的财产和营业事务，包括接管债务人的财产、印章和账簿、文书等资料，调查债务人财产状况，制作财产状况报告等。保证合同作为债务人财产和债务关系的重要组成部分，自然应当纳入管理人的管理范围。
- 管理人还有权决定债务人的内部管理事务，包括决定债务人的日常开支和其他必要开支，以及在第一次债权人会议召开之前，决定继续或者停止债务人的营业等。这些职责的履行往往需要管理人对保证合同等债务文件进行审查和处理。
保证合同的特殊性：
- 保证合同是债务人向债权人提供担保的一种方式，它涉及到债务人、债权人和保证人三方的法律关系。在破产重整程序中，债务人的财产和债务关系需要得到全面的梳理和重组，保证合同作为其中的一环，其处理方式直接影响到重整计划的制定和执行。
- 保证合同的处理往往涉及到复杂的法律问题和利益关系，如保证人的责任范围、保证期间的计算、保证合同的解除或变更等。这些问题需要由具备专业法律知识和经验的管理人来进行处理，以确保破产重整程序的顺利进行。
保护债权人利益的需要：
- 在破产重整程序中，债权人的利益需要得到充分的保护。管理人作为债权人利益的代表者之一，有责任对保证合同等债务文件进行审查和处理，以确保债权人的权益不受损害。
- 通过将保证合同交由管理人处理，可以确保保证合同的审查和处理过程更加公开、透明和公正，减少因信息不对称或利益冲突而导致的债权人利益受损的风险。
破产重整程序的效率要求：
- 破产重整程序需要在一定的时间内完成，以提高破产企业的重整成功率和市场竞争力。将保证合同等债务文件交由管理人统一处理，可以避免因多个主体分别处理而导致的效率低下和重复劳动等问题。
- 管理人作为专业的法律机构或人员，具备处理复杂法律问题的能力和经验，能够更快地完成保证合同的审查和处理工作，为破产重整程序的顺利进行提供有力保障。
在具体操作中，管理人通常会采取以下措施来处理保证合同：
- 对保证合同进行全面的审查和分析，确定保证人的责任范围、保证期间等关键条款。
- 与债权人、保证人等相关方进行沟通和协商，就保证合同的处理方式达成一致意见。
- 根据破产重整计划的需要，对保证合同进行解除、变更或继续履行等处理。
- 在处理保证合同的过程中，确保债权人的利益得到充分保护，并遵守相关法律法规的规定。
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