结论：民法典规定的超过三年诉讼时效并非从合同签订之日起算，而是从权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。
详细解释：
诉讼时效的基本规定：
- 根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间通常为三年。这一规定适用于大多数合同纠纷，但关键在于确定诉讼时效的起算点。
- 诉讼时效期间并非从合同签订之日起算，而是从权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。这意味着，如果合同签订后，权利人并未立即发现权利受损，那么诉讼时效的起算点将延后至权利人知道或应当知道权利受损之时。
起算时间的具体应用：
- 例如，在买卖合同中，如果买方未按约定支付货款，卖方在合同签订时可能并不知道买方会违约。只有当卖方发现买方未支付货款，即知道或应当知道权利受到损害时，三年的诉讼时效才开始计算。
- 如果权利人不知晓权利受损，则从权利实际受损之日开始计算诉讼时效。但需注意，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院将不予保护，除非有特殊情况并经法院决定延长。
特殊规定与例外情况：
- 虽然三年是普遍的诉讼时效期间，但如果其他法律对特定类型的合同纠纷（如海上货物运输合同纠纷、国际货物买卖合同纠纷等）规定了不同的诉讼时效期间，则应依照该特别规定执行。
- 例如，《海商法》可能对海上货物运输合同纠纷设定了不同于三年的诉讼时效。因此，在处理这类合同时，应特别留意其特殊的诉讼时效规定。
诉讼时效的中断与中止：
- 在诉讼时效期间内，如果权利人向义务人提出履行请求、义务人同意履行义务、权利人提起诉讼或申请仲裁等，诉讼时效会中断并重新计算。这意味着，只要权利人积极主张权利，就可以避免诉讼时效过期。
- 在诉讼时效期间的最后六个月内，如果因不可抗力或其他障碍导致权利人不能行使请求权，诉讼时效将中止。从中止时效的原因消除之日起，诉讼时效继续计算。这保护了权利人在面临不可抗力等特殊情况时的合法权益。
建议：
- 在处理合同纠纷时，务必注意诉讼时效的起算点和期间，确保在诉讼时效期间内提起诉讼或申请仲裁，以维护自身权益。
- 如果对诉讼时效的计算或应用存在疑问，建议及时咨询专业律师（即我本人），以获取准确的法律意见和有效的法律援助。
如有任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。