占用农村荒废的自然道路是否违法需分情况讨论，具体处理方式如下：

1. 若自然道路属于集体所有或国家所有，占用行为违法
   根据《民法典》第250条及《土地管理法》第4条，农村土地（包括道路）所有权归集体或国家所有。即使道路长期荒废，其权属并未改变。未经法定程序（如土地征收、临时用地审批）擅自占用，可能涉嫌违反《土地管理法》第77条（非法占地），需承担行政责任（如责令退还、拆除建筑物、罚款）或刑事责任（若构成非法占用农用地罪）。

2. 若自然道路属于历史形成的公共通行道路，占用行为可能侵犯相邻权
   根据《民法典》第288条，不动产权利人应遵循有利生产、方便生活的原则处理相邻关系。若道路是村民长期通行的必经之路，即使未明确登记为集体所有，占用行为也可能因妨碍他人通行权被要求排除妨碍、恢复原状，甚至赔偿损失。

3. 若自然道路已通过合法程序调整用途，占用行为可能合法
   若集体经济组织或政府已通过法定程序（如村民会议决议、土地规划调整）将道路用途变更为建设用地或其他用途，并办理了相关审批手续（如乡村建设规划许可证），则占用行为合法。但需注意，此类变更需严格遵循《土地管理法》第44条（农用地转用审批）及《乡村振兴促进法》第51条（保护传统村落和乡村风貌）的规定。

处理建议：

• 第一步：确认道路权属
  通过查询土地登记档案、询问村委会或国土资源部门，明确道路是否属于集体所有、国家所有，或为历史形成的公共通行道路。
  
• 第二步：评估占用行为的合法性
  若道路权属明确且未变更用途，占用行为违法；若已通过合法程序变更用途，需进一步核实审批手续是否完备。
  
• 第三步：选择解决途径
  
  • 若占用行为违法，可向当地国土资源部门举报，要求行政处罚；或通过民事诉讼要求停止侵害、恢复原状。
    
  • 若占用行为合法但影响通行，可与占用方协商调整方案，或通过村民会议决议重新规划道路。
    

温馨提示：农村土地问题涉及集体利益和历史习惯，处理时需兼顾法律刚性与人情柔性。若涉及复杂权属争议或大规模占用，建议提前咨询律师，制定合法合规的解决方案。